脑干肿瘤的发生与遗传因素、病毒感染、放射性因素、环境因素及胚胎发育因素相关，遗传因素使部分人群发病风险升高；病毒感染可能干扰细胞过程增加几率；长期电离辐射损伤细胞DNA致突变风险上升；长期处于特定环境中化学污染物等可能综合作用致病；胚胎发育异常时部分细胞分化异常或残留可致恶变形成肿瘤。
一、遗传因素
部分脑干肿瘤的发生与遗传因素相关。例如某些遗传性肿瘤综合征可能增加脑干肿瘤的发病风险。有研究发现，一些特定的基因变异可能在家族性肿瘤倾向中起作用，这些基因的异常可能使细胞的生长调控出现紊乱，从而增加脑干肿瘤发生的可能性。在有家族肿瘤病史的人群中，其后代患脑干肿瘤的潜在风险相对一般人群有所升高，但这并不意味着一定会发病，只是遗传易感性增加。
二、病毒感染
某些病毒感染可能与脑干肿瘤的发生有关。例如，EB病毒等病毒感染可能影响细胞的生物学行为。病毒感染可以导致细胞的基因表达发生改变，干扰细胞正常的增殖、分化等过程。长期的病毒感染炎症刺激等可能逐渐引发细胞的恶变，进而增加脑干肿瘤的发生几率。不过，并非感染了相关病毒就一定会患上脑干肿瘤，只是病毒感染是可能的致病因素之一。
三、放射性因素
长期接触电离辐射是脑干肿瘤的一个明确危险因素。比如接受过头颈部放疗的患者，由于辐射对脑部细胞的损伤，包括对脑干区域细胞的DNA等遗传物质的破坏，使得细胞发生突变的概率增加，从而增加了脑干肿瘤的发生风险。儿童时期如果因疾病接受过不当的放射性治疗，其日后患脑干肿瘤的可能性会明显高于未接触过放射性物质的人群。
四、环境因素
长期处于某些特定的环境中也可能与脑干肿瘤的发生相关。例如长期接触某些化学污染物，像一些工业化学制剂等。这些化学物质可能通过呼吸道、皮肤等途径进入人体，干扰人体的正常生理代谢过程，对脑部细胞产生不良影响，逐步导致脑干肿瘤的发生。另外，生活环境中的一些物理、化学因素的综合作用也可能增加脑干肿瘤的发病风险，但具体的致病机制还需要进一步深入研究来明确。
五、胚胎发育因素
在胚胎发育过程中，如果出现异常情况，也可能导致脑干肿瘤的发生。胚胎时期某些细胞的分化异常或者残留，这些异常的细胞在后续的生长发育过程中可能发生恶变，形成脑干肿瘤。例如胚胎发育过程中神经管闭合等出现问题，可能会影响脑干区域细胞的正常发育，为日后脑干肿瘤的发生埋下隐患。
