肾盂肾炎可引发多种严重并发症，包括损害肾脏功能致肾功能减退甚至慢性肾衰竭，使儿童肾脏发育迟缓、老年肾功能恶化；致病菌入血引发败血症，危及免疫力低下人群生命；糖尿病患者或尿路梗阻者易出现肾乳头坏死，加重肾脏损害；还可蔓延至肾周围组织引起肾周围脓肿，婴幼儿易扩散，肥胖者临床表现可能不典型易延误治疗。
一、肾脏功能损害
肾盂肾炎若未得到及时有效的治疗，可能会逐渐损害肾脏的正常结构和功能。急性肾盂肾炎若反复发作转为慢性肾盂肾炎，会导致肾小管间质损害，影响肾脏对水分、电解质等的调节功能，进而出现肾功能减退，表现为肾小球滤过率下降等，严重时可发展为慢性肾衰竭，患者会出现水、电解质紊乱以及代谢废物潴留等一系列临床表现，如水肿、贫血、恶心呕吐等。对于儿童患者，长期的肾盂肾炎可能会影响其肾脏的正常生长发育，导致肾功能发育迟缓等问题；老年患者本身肾功能就有一定程度的生理性减退，肾盂肾炎更易加重肾功能的恶化。
二、败血症
肾盂肾炎致病菌可进入血液循环，引发败血症。当细菌在血液中大量繁殖时，会产生大量毒素，导致患者出现高热、寒战、血压下降等严重的全身感染中毒症状。败血症病情进展迅速，若不及时控制，可危及生命。尤其是免疫力低下的人群，如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的患者等，发生败血症的风险更高。儿童免疫力相对较弱，一旦发生肾盂肾炎并发败血症，病情变化往往较为凶险；老年患者由于机体抵抗力下降，败血症的预后通常也较差。
三、肾乳头坏死
这是肾盂肾炎较为严重的并发症之一，多见于糖尿病患者或有尿路梗阻的患者。肾盂肾炎导致肾乳头发生缺血性坏死，患者会出现高热、剧烈腰痛、血尿等症状，严重时可引起肾组织坏死、脱落，阻塞尿路，进一步加重肾脏损害，甚至可能需要进行肾脏切除等治疗。对于糖尿病合并肾盂肾炎的患者，由于高血糖环境不利于机体的抗感染和组织修复，肾乳头坏死的发生风险更高；老年糖尿病患者本身多存在血管病变等基础情况，也更容易出现肾乳头坏死的并发症。
四、肾周围脓肿
肾盂肾炎可蔓延至肾周围组织，引起肾周围脓肿。患者表现为单侧腰痛加剧，向同侧背部放射，局部皮肤红肿、压痛，同时伴有高热等全身症状。肾周围脓肿若不及时引流等处理，可导致感染扩散，累及周围组织器官，增加治疗难度。在婴幼儿中，由于其肾脏位置相对表浅，肾盂肾炎更容易扩散引发肾周围脓肿；而对于肥胖人群，肾周围脂肪组织较多，肾周围脓肿的临床表现可能不典型，容易被忽视，延误治疗。
