先天性心脏病发病与遗传和环境因素密切相关，遗传因素包括单基因和多基因，单基因如21-三体综合征致相关基因异常表达等，多基因与环境因素相互作用；环境因素有孕期感染、接触致畸物质、不良生活方式等，有先天性心脏病家族史人群孕期需注意避免环境因素，孕前和孕期要遗传咨询及产前检查。
遗传因素的影响
单基因遗传因素：某些单基因的突变可导致先天性心脏病。例如，染色体重排相关的综合征，如21-三体综合征（唐氏综合征），约40%的唐氏综合征患儿合并先天性心脏病，其21号染色体多了一条，相关基因的异常表达影响了心脏的正常发育。一些单基因遗传性心血管病，如长QT综合征相关基因变异等，也可增加先天性心脏病的发病风险。有研究表明，在一些单基因遗传病家系中，先天性心脏病的发病呈现家族聚集现象，这提示单基因的突变或异常是导致先天性心脏病的重要遗传因素之一。
多基因遗传因素：先天性心脏病多数是多基因遗传与环境因素相互作用的结果。多个基因的微小变化共同作用，再加上环境等其他因素的影响，增加了先天性心脏病的发病风险。比如，在某些家族中，多个成员可能存在与心脏发育相关的多个基因的易感性变异，同时如果母亲在孕期接触不良环境因素（如感染、接触致畸物质等），就更容易导致胎儿发生先天性心脏病。有流行病学调查显示，在有先天性心脏病患儿的家族中，再次生育先天性心脏病患儿的风险比普通人群高2-3倍，这体现了多基因遗传基础上环境因素叠加的作用。
环境因素的协同作用
孕期感染：母亲在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘影响胎儿心脏的发育，增加先天性心脏病的发生风险。例如，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿患先天性心脏病的概率明显高于未感染的孕妇。
孕期接触致畸物质：孕妇在孕期接触某些化学物质，如铅、汞等重金属，或者服用某些致畸药物（如抗肿瘤药物等），会干扰胎儿心脏的正常发育过程，与遗传因素共同作用导致先天性心脏病。
孕期不良生活方式：孕妇孕期吸烟、酗酒等不良生活方式也会增加胎儿患先天性心脏病的风险。吸烟产生的尼古丁等有害物质可通过胎盘影响胎儿血管的发育，酗酒则可能干扰胎儿心脏的正常结构形成。
对于有先天性心脏病家族史的人群，孕妇在孕期需要更加注意避免上述环境因素。比如，做好孕期保健，避免接触感染源、远离致畸物质、保持健康的生活方式等。在孕前和孕期进行遗传咨询和相关的产前检查，如胎儿心脏超声检查等，有助于早期发现胎儿是否存在先天性心脏病相关问题，以便采取相应的措施。
