两只眼睛瞳孔不一样大可能由生理性和病理性原因导致，生理性原因是正常人群约10%有双侧瞳孔略有差异且不超1毫米的情况；病理性原因包括眼部疾病（虹膜病变、眼外伤、青光眼等）和神经系统疾病（动眼神经病变、颅脑外伤、脑卒中），若差异明显伴不适需及时就医检查，儿童更要密切关注，及时带其到正规医院就诊。
一、生理性原因
正常人群中，约有10%左右可能存在双侧瞳孔大小略有差异的情况，一般差异较小，不超过1毫米，这种情况多属于生理性的，通常是由于个体先天发育等因素导致，不影响视力等功能，也不需要特殊处理。比如一些新生儿可能会出现轻微的双侧瞳孔大小不同，但随着生长发育，可能会逐渐趋于一致，对于这种情况，家长无需过度紧张，定期观察即可。
二、病理性原因
1.眼部疾病
虹膜病变：虹膜炎症（如虹膜睫状体炎）可导致瞳孔括约肌受损，引起瞳孔大小异常，可能出现双侧瞳孔不等大。例如，在虹膜睫状体炎发作时，炎症刺激会影响瞳孔的正常收缩和舒张功能，进而出现瞳孔形态改变。
眼外伤：眼部受到外伤时，如眼球穿通伤等，可能会损伤到瞳孔括约肌或支配瞳孔的神经等结构，从而导致双侧瞳孔大小不一样。比如眼部遭受撞击后，可能会直接损伤相关结构引发瞳孔异常。
青光眼：急性闭角型青光眼发作时，由于眼压急剧升高，可导致瞳孔散大，且双侧瞳孔大小可能不等。眼压升高会影响眼部神经等组织的功能，进而影响瞳孔的正常调节，出现瞳孔异常改变。
2.神经系统疾病
动眼神经病变：动眼神经麻痹可引起患侧瞳孔散大，双侧瞳孔大小不等。动眼神经受损会影响其对瞳孔括约肌等的支配功能，导致瞳孔异常。例如，颅内动脉瘤压迫动眼神经时，就可能出现这种情况。
颅脑外伤：颅脑外伤累及相关神经结构时，可能会影响到瞳孔的正常调节，导致双侧瞳孔大小不同。比如颅脑外伤导致颅内出血等情况，压迫或损伤到与瞳孔调节相关的神经组织，从而引起瞳孔异常。
脑卒中：某些脑卒中患者，如脑出血或脑梗死累及到与瞳孔调节相关的脑部区域时，也可能出现双侧瞳孔大小不等的情况。例如，脑干出血等情况可能影响到动眼神经核等结构，进而导致瞳孔异常。
如果发现两只眼睛瞳孔不一样大，尤其是差异较明显、伴有视力下降、眼痛、头痛等不适症状时，应及时就医，进行详细的眼部检查（如眼压测量、眼底检查等）和神经系统检查（如头颅CT、MRI等），以明确病因，并采取相应的治疗措施。对于儿童患者，家长更要密切关注，因为儿童的眼部和神经系统发育尚不完善，任何异常都可能对其视力和生长发育产生重要影响，一旦发现瞳孔异常，需尽快带孩子到正规医院就诊。
