周期性动眼神经麻痹病因未完全明确，可能与先天性因素（胚胎发育中动眼神经核及纤维发育异常，有遗传倾向，儿童常见）、神经损伤相关因素（头部外伤致动眼神经受损，不同年龄性别可发病；颅内炎症性疾病累及动眼神经，不同年龄性别均可发病）、血管因素（供应动眼神经的血管病变致供血不足，老年人因动脉硬化、年轻人因先天性血管畸形等，不同性别随年龄增长动脉硬化风险增加影响血管病变发生概率）有关。
一、先天性因素
1.神经发育异常
有研究认为，在胚胎发育过程中，动眼神经核及其神经纤维的发育出现异常是导致周期性动眼神经麻痹的重要原因。胚胎时期神经细胞的迁移、分化等过程受到干扰，可能影响动眼神经的正常结构和功能，从而引发周期性动眼神经麻痹。这种发育异常可能与遗传因素有一定关联，部分患者可能存在家族遗传倾向，但具体的遗传方式尚未完全清晰，可能涉及多个基因的突变或异常表达。在不同年龄段的人群中都可能存在，尤其在儿童时期发病较为常见，因为儿童的神经发育尚未完全成熟，更容易受到胚胎发育阶段异常的影响。
二、神经损伤相关因素
1.外伤
头部外伤可能导致动眼神经受损，进而引发周期性动眼神经麻痹。头部受到外力撞击等情况时，动眼神经可能会受到牵拉、挤压或直接的创伤，影响其正常的神经传导功能。外伤的严重程度不同，对动眼神经的损伤程度也有所差异，较轻的外伤可能只是引起神经的短暂功能紊乱，而严重的外伤可能导致神经结构的破坏。不同年龄和性别的人群都可能因头部外伤而患病，例如儿童在玩耍过程中头部受到意外撞击，成年人因交通事故等头部受伤等情况都有可能发生。
2.炎症
颅内的炎症性疾病，如脑膜炎、脑炎等，可能累及动眼神经，导致周期性动眼神经麻痹。炎症会引起神经周围的组织水肿、渗出等，进而压迫或损伤动眼神经，影响神经的正常功能。不同年龄的人群均可因炎症性疾病发病，在儿童中，感染性脑炎等较为常见，而成年人可能因自身免疫性脑炎等炎症性疾病引发。性别方面无明显特异性差异，任何性别都可能受到炎症性疾病的影响而导致动眼神经受累。
三、血管因素
1.血管病变
供应动眼神经的血管发生病变，如血管狭窄、闭塞或动脉瘤等，可能导致动眼神经的血液供应不足，从而影响神经功能，引发周期性动眼神经麻痹。血管病变可能是由于动脉硬化、先天性血管畸形等多种原因引起。在老年人中，动脉硬化较为常见，更容易出现血管病变导致动眼神经供血不足；而年轻人可能因先天性血管畸形等原因导致血管病变。性别方面，不同性别在血管病变的发生风险上可能无显著差异，但随着年龄增长，动脉硬化的发生风险在男性和女性中都会增加，从而影响动眼神经相关血管病变的发生概率。
