唇腭裂的发生受遗传、环境及其他因素影响，遗传方面具一定倾向且有多种遗传模式；环境因素包括孕妇营养状况、感染、药物、吸烟饮酒、辐射等，如叶酸缺乏、感染风疹病毒、用药不当、吸烟饮酒、接触过量辐射等会增加风险；其他因素有孕妇年龄（过大或过小均可能增加风险）、内分泌因素（甲状腺功能异常等可能干扰发育致唇腭裂风险上升）。
环境因素
孕妇的营养状况：孕妇在孕期如果缺乏某些重要营养素，如叶酸、维生素B族等，可能会影响胎儿的正常发育。叶酸对于细胞的分裂和分化至关重要，在胚胎早期神经管和面部结构形成过程中发挥关键作用。当孕妇体内叶酸不足时，胎儿发生唇腭裂的几率会增加。例如，有研究发现孕妇在孕前和孕早期补充足够的叶酸可以降低胎儿唇腭裂的发生风险。
感染因素：孕期孕妇感染某些病毒，如风疹病毒等，可能会对胎儿造成不良影响。风疹病毒可以通过胎盘感染胎儿，干扰胚胎的正常发育过程，影响面部组织的融合，进而导致唇腭裂的发生。孕妇在孕期应尽量避免接触风疹病毒感染源，如避免前往风疹流行地区，在风疹流行季节注意个人防护等。
药物因素：某些药物在孕期使用不当也可能增加胎儿唇腭裂的风险。例如，一些抗癫痫药物、糖皮质激素类药物等。孕妇在孕期用药必须在医生的严格指导下进行，因为即使是一些看似普通的药物，也可能通过胎盘影响胎儿发育。孕妇不能自行随意服用药物，尤其是在孕早期胎儿器官形成的关键时期。
吸烟和饮酒：孕妇吸烟或饮酒会对胎儿产生有害影响。烟草中的尼古丁等有害物质以及酒精都会通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育。吸烟会导致胎盘血管收缩，影响胎儿的血液供应和营养物质的输送；饮酒则可能直接作用于胚胎细胞，影响面部结构的发育，增加唇腭裂的发生几率。所以孕妇应严格戒烟戒酒，保持健康的生活方式。
辐射因素：孕期接触过量的辐射，如X射线等，也可能增加胎儿唇腭裂的发生风险。在孕期应尽量避免不必要的辐射暴露，如进行X线检查时要采取必要的防护措施，以保护胎儿免受辐射损害。
其他因素
年龄因素：孕妇的年龄也与胎儿唇腭裂的发生有关。孕妇年龄过大或过小都可能增加风险。一般来说，高龄孕妇（年龄大于35岁）体内的生理状况可能发生变化，导致胚胎发育过程中出现异常的几率增加；而年轻孕妇（尤其是小于20岁）身体的各项机能虽然相对较好，但也可能存在一些未知的影响胚胎发育的因素，使得胎儿唇腭裂的发生风险上升。
内分泌因素：孕妇体内的内分泌状况异常也可能影响胎儿发育。例如，孕期孕妇的甲状腺功能异常，甲状腺激素水平的改变可能干扰胎儿的正常生长发育过程，包括面部组织的融合，从而增加唇腭裂的发生风险。孕妇在孕期应定期检查甲状腺功能等内分泌指标，确保其处于正常范围。
