肾萎缩会引发多系统症状，肾功能相关有肾小球滤过率下降致代谢废物潴留、水及电解质紊乱；泌尿系统有尿量异常、尿液性状改变；其他系统有心血管系统的高血压及心衰表现、血液系统的贫血、骨骼系统的肾性骨病等。
肾小球滤过率下降相关表现：肾萎缩会导致肾小球滤过率降低，早期可能无明显特异性症状，随着病情进展，可能出现代谢废物潴留相关表现，如恶心、呕吐等消化系统症状，这是因为体内尿素等代谢废物不能正常排出，刺激胃肠道所致。对于儿童来说，可能会影响生长发育，表现为身高、体重增长缓慢等，因为肾功能异常会影响营养物质的代谢及激素的正常调节等。成年人则可能出现乏力、精神萎靡等全身不适，是由于机体代谢紊乱、毒素蓄积影响了多个系统功能。
水、电解质紊乱表现：肾萎缩患者肾脏对水、电解质的调节功能受损，可出现水肿或脱水。水肿常见于眼睑、下肢等部位，儿童由于皮肤较薄，水肿可能更易察觉，严重时可出现全身水肿；脱水时则表现为尿量减少、口渴等。在电解质方面，可能出现高钾血症或低钾血症，高钾血症时患者会有心律失常的风险，表现为心悸等，儿童可能会出现肌肉无力、精神萎靡等；低钾血症时可出现四肢无力、腹胀等，成年人可能还会影响心脏传导等。
泌尿系统相关症状
尿量异常：肾萎缩早期尿量可能无明显变化，随着病情进展，可出现尿量减少，儿童可能表现为尿布更换次数减少，成年人则自觉排尿次数减少。也有部分患者会出现夜尿增多的情况，儿童可能表现为夜间醒来排尿，这是因为肾脏浓缩功能减退，导致夜间排尿量增多。
尿液性状改变：可出现蛋白尿，尿液中泡沫增多且不易消散，这是由于肾小球滤过膜受损，蛋白质漏出到尿液中。对于儿童，家长可能会发现孩子尿液外观有异常泡沫；成年人自己也能观察到尿液泡沫情况。还可能出现血尿，尿液呈红色或洗肉水样，儿童可能因不善于表达而被家长发现尿布有血迹等情况，成年人则可直接察觉尿液颜色异常。
其他系统相关症状
心血管系统症状：肾萎缩患者常伴有高血压，这是因为肾脏分泌肾素-血管紧张素-醛固酮系统失衡等原因。高血压可导致头痛、头晕等症状，儿童可能表现为哭闹不安、烦躁等，成年人则会有明显的头部不适。长期高血压还可能影响心脏，导致心力衰竭，出现呼吸困难、心慌、气短等症状，儿童可能活动耐力下降，容易疲劳，成年人在活动后症状更明显。
血液系统症状：肾萎缩可引起贫血，患者出现面色苍白、乏力、头晕等症状，儿童可能生长发育迟缓、面色萎黄，这是由于肾脏分泌促红细胞生成素减少，导致红细胞生成不足。
骨骼系统症状：慢性肾萎缩患者可能出现肾性骨病，儿童会影响骨骼生长发育，导致骨骼畸形等，成年人则表现为骨痛、骨折等风险增加，这是因为肾脏对钙、磷代谢调节失常，维生素D活化障碍等，影响了骨骼的正常代谢。
