沙眼不同时期有不同症状，急性期有乳头增生、滤泡形成、畏光流泪异物感、分泌物多；慢性期有瘢痕形成、睑结膜肥厚、角膜血管翳；晚期有睑内翻及倒睫、上睑下垂、角膜混浊、实质性结膜干燥症、慢性泪囊炎，儿童患沙眼各时期症状表现因自身特点可能更明显且对眼部影响可能更甚。
滤泡形成：下穹窿部与睑结膜会出现大小相似的滤泡，呈半透明状，滤泡内含有淋巴细胞等成分。这是机体对沙眼衣原体感染的一种免疫反应表现，在儿童群体中，由于免疫系统发育尚未完全成熟，可能会使滤泡形成的表现相对更为明显些。
畏光、流泪、异物感：患者会感觉眼睛有明显的刺激症状，老是觉得眼睛里有东西，不停地流泪、怕光。这是因为炎症刺激了眼部的感觉神经末梢，儿童由于不太会准确表达，可能会通过频繁揉眼等行为来表现这些不适。
较多黏液或黏液脓性分泌物：眼睛会分泌出较多的黏稠分泌物，这是由于炎症导致眼结膜的杯状细胞和黏膜上皮细胞分泌功能亢进所致。
慢性期症状
瘢痕形成：急性期经过治疗或自行缓解后，睑结膜会逐渐出现瘢痕，开始为细小线状，之后会变得更为明显，呈白色网状。随着病情的发展，瘢痕会逐渐取代原来的病变组织，这是沙眼病程发展到一定阶段的表现，不同年龄人群的瘢痕形成进程可能会因个体免疫等因素有所差异。
睑结膜肥厚：睑结膜会变得肥厚，纹理变得模糊。这是由于炎症的长期刺激导致结膜组织增生引起的，儿童如果患有沙眼且未得到有效控制，可能会影响眼部的正常发育。
角膜血管翳：角膜上会出现新生血管，由角膜缘向角膜内侵入，呈垂帘状。这是因为沙眼衣原体感染累及角膜，引起角膜的免疫炎症反应导致血管新生，儿童的角膜相对较为娇嫩，血管翳的出现可能会对视力发育产生更明显的影响。
晚期并发症症状
睑内翻及倒睫：由于睑结膜和睑板组织瘢痕收缩，导致睑内翻，进而使睫毛倒向眼球，刺激角膜。这种情况在儿童中如果未能及时治疗，长期的倒睫刺激角膜可能会造成角膜溃疡等严重后果。
上睑下垂：病变累及上睑提肌时，可因睑板增厚、瘢痕收缩，使上睑提肌功能受到影响，导致上睑下垂。儿童出现上睑下垂可能会影响外观，还可能影响视觉发育，需要引起重视。
角膜混浊：严重的角膜血管翳及睑内翻倒睫长期刺激角膜，可导致角膜混浊，影响视力。儿童时期角膜混浊如果得不到及时处理，会对其未来的视力造成严重损害，可能导致弱视等问题。
实质性结膜干燥症：结膜杯状细胞和副泪腺被破坏，泪腺排泄管被阻塞，导致结膜干燥，甚至出现角膜干燥。儿童的眼部腺体功能相对不完善，发生实质性结膜干燥症时可能会出现更明显的眼部干涩等不适表现。
慢性泪囊炎：沙眼病变累及泪道，导致泪道狭窄或阻塞，引发慢性泪囊炎，表现为泪溢、泪囊区红肿等。儿童的泪道系统相对较细，发生慢性泪囊炎时症状可能不太典型，但同样需要及时处理。
