沙眼有急性期、慢性期和晚期并发症症状。急性期有眼部刺激、结膜充血水肿、分泌物增多；慢性期有结膜瘢痕形成、乳头增生和滤泡形成、角膜血管翳、眼部不适减轻仍存在；晚期并发症有睑内翻及倒睫、上睑下垂、睑球粘连、角膜混浊、实质性结膜干燥症。
眼部刺激症状：患者可出现眼睛异物感、畏光、流泪等症状，这是因为沙眼衣原体感染眼部结膜后，引起结膜的炎症反应，刺激眼部神经导致。儿童患者可能因为不太会表达眼部不适，表现为经常用手揉眼睛等行为。
结膜充血水肿：眼睑结膜和穹窿部结膜明显充血，血管模糊不清，结膜下有弥漫性淋巴细胞及浆细胞浸润，使得结膜呈现出红色肿胀的状态。
分泌物增多：急性期患者眼部分泌物增多，多为黏液性或脓性分泌物。在早晨起床时，常可发现眼睑被分泌物黏住，这是由于炎症刺激导致结膜杯状细胞和黏液腺分泌增加所致。
慢性期症状
结膜瘢痕形成：随着病情进展，结膜会逐渐出现瘢痕，早期瘢痕呈网状，以后逐渐变为白色条纹状或片状瘢痕。瘢痕的形成是机体对沙眼衣原体感染的一种修复反应，但也可能导致结膜的功能受到影响。
乳头增生和滤泡形成：在慢性期，睑结膜会出现乳头增生，表现为结膜表面粗糙不平，类似红色的小颗粒；同时还会有滤泡形成，滤泡是由淋巴细胞聚集形成的，大小不一，呈黄白色，位于上睑结膜和上穹窿结膜处。
角膜血管翳：沙眼衣原体感染还可累及角膜，导致角膜血管翳的形成。角膜上出现新生血管，最初位于角膜上方，呈垂帘状，逐渐向角膜中央发展，严重时可遮盖整个角膜，影响视力。儿童患者如果发生角膜血管翳，可能会对其视觉发育产生不良影响，导致视力下降。
眼部不适症状相对减轻但仍存在：慢性期患者眼部的刺激症状较急性期有所减轻，但仍可能有异物感、干涩等不适，不过相较于急性期，症状程度较轻。
晚期并发症症状
睑内翻及倒睫：由于结膜瘢痕收缩，可导致睑内翻，进而引起倒睫。倒睫会刺激角膜，引起角膜疼痛、畏光、流泪等症状，长期的倒睫刺激还可能导致角膜溃疡、角膜混浊等严重并发症，影响视力，儿童患者如果存在睑内翻倒睫，可能会因为频繁的眼部不适而影响学习和生活。
上睑下垂：病变累及上睑提肌时，可引起上睑下垂，表现为上眼睑部分或全部遮盖瞳孔，儿童患者出现上睑下垂可能会影响外观，还可能影响视力发育，导致形觉剥夺性弱视。
睑球粘连：结膜瘢痕化可导致睑结膜与球结膜发生粘连，严重时可影响眼球的运动。
角膜混浊：严重的角膜血管翳和反复的角膜感染可导致角膜混浊，视力明显下降，儿童患者如果发生角膜混浊，会对其未来的学习、生活产生严重影响，如影响阅读、书写等活动。
实质性结膜干燥症：由于结膜的杯状细胞和副泪腺被破坏，泪液分泌减少，同时结膜瘢痕化使泪腺排泄管阻塞，导致结膜干燥，出现眼部干涩、异物感等症状，严重时可引起角膜干燥、溃疡等。
