先天性脑积水主要因脑脊液产生、循环或吸收异常致，成因包括脑脊液循环通路先天畸形（如中脑导水管狭窄/闭锁、第四脑室中/侧孔闭锁）、脑脊液产生过多（如脉络丛乳头状瘤）、脑脊液吸收障碍（如蛛网膜颗粒发育不良、胎儿期颅内出血后粘连）。
一、脑脊液循环通路先天畸形
1.中脑导水管狭窄、闭锁
在胚胎发育过程中，中脑导水管的形成出现异常，如狭窄或完全闭锁。中脑导水管是脑脊液从第三脑室流向第四脑室的重要通道，其发生狭窄或闭锁会阻碍脑脊液的正常流通，导致脑室系统内脑脊液积聚，进而引起脑室扩张，形成先天性脑积水。这种情况在胚胎发育的早期阶段就可能发生，与遗传因素以及胚胎发育过程中的环境因素等有关。例如，某些基因突变可能影响中脑导水管的正常发育，或者孕妇在妊娠早期接触了某些致畸物质，如某些病毒感染（如风疹病毒等）、药物等，都可能干扰胚胎中脑导水管的发育，导致狭窄或闭锁。
2.第四脑室中、侧孔闭锁
第四脑室的中孔和侧孔是脑脊液从第四脑室流向蛛网膜下腔的部位，如果这些孔道发生闭锁，脑脊液就无法顺利地从第四脑室流入蛛网膜下腔进行吸收，从而使脑脊液在脑室系统内积聚。第四脑室中、侧孔的闭锁同样可能是胚胎发育异常所致，可能与遗传因素以及胚胎发育时期的环境影响相关。比如，胚胎在发育过程中，相关组织的分化出现异常，导致第四脑室中、侧孔未能正常形成或发生闭锁，进而引发先天性脑积水。
二、脑脊液产生过多
1.脉络丛乳头状瘤
脉络丛是产生脑脊液的主要结构，当脉络丛发生乳头状瘤时，会使脉络丛过度分泌脑脊液，导致脑脊液的产生量远远超过正常的吸收和循环能力，从而引起脑室系统内脑脊液积聚。虽然脉络丛乳头状瘤导致先天性脑积水的情况相对较少，但也是先天性脑积水的一个成因。这种肿瘤的发生可能与胚胎时期脉络丛组织的异常增殖有关，具体的遗传和环境因素尚在进一步研究中，但已知其会打破脑脊液产生与吸收的平衡，引发脑积水。
三、脑脊液吸收障碍
1.蛛网膜颗粒发育不良
蛛网膜颗粒是脑脊液吸收进入静脉系统的重要结构，如果蛛网膜颗粒发育不良，会影响脑脊液的吸收。蛛网膜颗粒发育不良可能是由于胚胎发育过程中相关细胞的分化和迁移异常导致的。正常情况下，脑脊液通过蛛网膜颗粒被吸收进入血液循环，当蛛网膜颗粒发育不良时，脑脊液的吸收减少，使得脑室系统内脑脊液逐渐积聚，进而引发先天性脑积水。这种发育不良可能与遗传因素有关，某些基因的突变可能影响蛛网膜颗粒的正常发育。
2.胎儿期颅内出血后粘连
在胎儿期如果发生颅内出血，血液可能会在蛛网膜下腔等部位形成粘连，阻碍脑脊液的正常吸收。例如，胎儿在子宫内由于某些原因（如血管畸形等）导致颅内出血，血液吸收不完全，血液中的成分可能会引起蛛网膜下腔的粘连，使得脑脊液的循环和吸收通道受阻，从而导致脑脊液积聚，引发先天性脑积水。这种情况在胎儿期颅内出血的患儿中较为常见，胎儿期的颅内出血可能与胎儿自身的血管发育异常、孕妇的一些不良因素（如孕期高血压等）有关。
