先天性心脏病遗传因素重要，单基因遗传相关如21-三体综合征伴发及马方综合征等呈孟德尔遗传，多基因遗传是多基因与环境相互作用致发病风险增，有家族史育龄夫妇孕前要遗传咨询、孕期产检，已确诊患儿家庭再育要遗传检测等干预，患儿要监测病情。
单基因遗传相关
某些单基因疾病可伴发先天性心脏病，例如21-三体综合征（唐氏综合征），这是由于21号染色体多了一条，约40%的21-三体综合征患儿会合并先天性心脏病，尤其是房室间隔缺损等。其遗传模式为染色体数目异常导致的遗传缺陷，患儿从父母遗传了异常的染色体物质，从而引发包括心脏结构异常在内的多种畸形表现。对于有唐氏综合征家族史的夫妇，怀孕后需进行产前筛查，如唐氏筛查、无创DNA检测或羊水穿刺等，以评估胎儿患先天性心脏病等相关畸形的风险。
一些单基因遗传病呈孟德尔遗传方式，如常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传或X连锁遗传等。例如马方综合征是常染色体显性遗传的结缔组织疾病，患者可出现主动脉根部扩张、二尖瓣脱垂等心脏结构异常，进而引发先天性心脏病相关表现。有马方综合征家族史的人群，若计划生育，应进行基因检测，明确是否携带致病基因，并在孕期加强对胎儿心脏发育的监测，如胎儿超声心动图检查，以便早期发现心脏异常情况。
多基因遗传相关
先天性心脏病大多是多基因遗传病，是由多个基因与环境因素相互作用引起的。多个基因的微小变化加上环境因素的影响共同导致发病风险增加。例如母亲在孕期接触某些致畸因素（如辐射、某些药物、病毒感染等）时，若同时携带某些与先天性心脏病相关的易感基因，胎儿患先天性心脏病的概率会显著升高。对于有先天性心脏病家族史的家庭，父母双方在备孕前应尽量避免接触有害物质，如戒烟戒酒、远离辐射源等。女性在孕期要注意预防病毒感染，如避免感染风疹病毒等，因为风疹病毒感染是导致胎儿先天性心脏病的重要环境因素之一，若孕妇在孕早期感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的风险会大幅增加。
不同人群的遗传相关注意事项
有家族史的育龄夫妇：如果家族中有先天性心脏病患者，夫妇双方在孕前应进行遗传咨询。遗传咨询师会详细询问家族史，评估遗传风险，并可能建议进行相关基因检测等检查。对于女性，孕期的保健尤为重要，要严格按照孕期检查要求进行产检，尤其是胎儿心脏超声检查的时间安排，一般建议在孕20-24周进行系统胎儿超声心动图检查，以早期发现胎儿心脏结构异常。
已确诊先天性心脏病患儿的家庭：若家庭中有先天性心脏病患儿，再次生育时，遗传风险会高于普通人群。此时可通过遗传检测手段，如染色体核型分析、基因芯片检测等，明确患儿的病因是否与遗传相关。如果是由遗传因素导致，再次怀孕时可进行植入前遗传学诊断（PGD）等更精准的产前干预措施，减少再次生育先天性心脏病患儿的风险。同时，对于有先天性心脏病的患儿，在生长发育过程中要密切监测心脏功能等情况，因为部分先天性心脏病可能会随着年龄增长而出现病情变化，而遗传因素可能在病情的发展过程中持续产生影响。
