太田痣病因未完全明确，与遗传因素、胚胎发育时期因素、色素细胞相关因素有关。遗传因素方面可能是常染色体显性遗传，胎儿时期就有潜在可能；胚胎发育时期存在神经嵴细胞迁移异常及受不良环境因素影响；色素细胞存在增殖分化异常和色素代谢异常，导致皮肤出现色素沉着斑片。
常染色体显性遗传：太田痣可能是一种常染色体显性遗传疾病。有研究发现，太田痣的发生与特定的染色体基因突变相关，这种遗传特性使得某些个体更容易出现太田痣。从家族聚集性角度来看，如果家族中有太田痣患者，那么家族成员患太田痣的风险相对较高。例如，在一些有太田痣家族史的家庭中，多个亲属可能会先后出现太田痣的症状。
性别与年龄对遗传易感性的影响：在性别方面，不同性别的遗传易感性可能存在一定差异，但目前研究显示并非绝对的性别主导因素。在年龄方面，胎儿时期就可能因为遗传因素而存在发生太田痣的潜在可能性，随着胚胎发育，太田痣相关的基因异常逐渐表现为皮肤的色素异常改变。
胚胎发育时期的因素
神经嵴细胞迁移异常：在胚胎发育的早期，神经嵴细胞会发生迁移，这些神经嵴细胞最终会分化为色素细胞等多种细胞类型。在太田痣患者中，可能存在神经嵴细胞在迁移过程中出现异常，未能按照正常的路径迁移到正确的部位，而是停留在皮肤的真皮层等部位，并且这些异常停留的神经嵴细胞会持续合成色素，从而导致太田痣的形成。例如，在胚胎发育的特定阶段，由于某些未知因素干扰了神经嵴细胞的正常迁移，使得色素细胞异常聚集在皮肤组织中，进而表现为太田痣的色素沉着表现。
发育阶段的环境因素影响：在胚胎发育的关键时期，如果受到一些不良环境因素的影响，也可能干扰神经嵴细胞的正常迁移和发育，增加太田痣发生的风险。比如，母亲在孕期接触某些化学物质、受到辐射等，虽然这种情况相对较少见，但从胚胎发育的敏感性角度考虑，这些环境因素可能会对神经嵴细胞的正常生物学行为产生影响，从而导致太田痣的形成。
色素细胞相关因素
色素细胞增殖与分化异常：太田痣部位的色素细胞，即黑素细胞存在增殖和分化的异常情况。正常情况下，黑素细胞的增殖和分化是受到严格调控的，而在太田痣患者中，这种调控机制被打破。黑素细胞可能会过度增殖，并且分化状态异常，导致产生过多的色素，并且这些异常的色素细胞分布在皮肤的特定层次（如真皮层），从而形成太田痣特有的蓝灰色、灰褐色等色素沉着斑片。例如，通过对太田痣组织的病理检查可以发现，真皮层中有大量异常的黑素细胞聚集，并且这些黑素细胞的形态和功能与正常黑素细胞存在差异，表现为色素合成增多等情况。
色素细胞内色素代谢异常：太田痣患者的色素细胞内色素代谢也存在异常。正常情况下，黑素细胞内的色素会按照一定的代谢途径进行处理和转运，而在太田痣中，这种代谢途径出现障碍。可能是色素的合成、转运或者降解过程发生异常，使得色素在黑素细胞内堆积，进而导致皮肤出现色素沉着。例如，相关研究发现太田痣患者色素细胞内某些与色素代谢相关的酶的活性发生改变，影响了色素的正常代谢过程，最终表现为皮肤的太田痣病变。
