卵巢囊肿可由生理性或病理性因素引起。生理性因素包括卵泡囊肿（生育年龄女性因激素水平波动致卵泡不排卵持续增大形成，多可自行消失）和黄体囊肿（排卵后黄体持续增大形成，部分可随月经来潮消退）；病理性因素有子宫内膜异位囊肿（活性子宫内膜细胞种植卵巢致周期性出血形成，与经血逆流等有关）、炎症相关囊肿（盆腔炎症波及卵巢致其与周围组织粘连形成）、肿瘤性囊肿（包括卵巢上皮性肿瘤<与遗传、炎症、内分泌等有关，恶性多见于中老年>、生殖细胞肿瘤<与生殖细胞异常分化有关，育龄期多见>、性索间质肿瘤<与内分泌紊乱等有关，不同年龄均可发病>）。
一、生理性因素
（一）卵泡囊肿
正常情况下，卵泡发育成熟后会排卵，若卵泡不排卵持续增大，就可能形成卵泡囊肿。一般多见于生育年龄的女性，在正常的月经周期中，卵泡的生长、发育、排卵等过程受体内激素水平调控，当激素水平出现波动等情况时，可能影响卵泡的正常破裂排卵，从而导致卵泡囊肿形成，通常这种囊肿多可自行消失。
（二）黄体囊肿
女性排卵后，卵泡壁会塌陷形成黄体，若黄体持续存在且不断增大，就会形成黄体囊肿。常见于月经周期较规律的女性，一般与黄体期黄体分泌功能异常等有关，部分黄体囊肿也可能在月经来潮后自行消退。
二、病理性因素
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
1.发病机制
具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，这些异位的内膜细胞会随着月经周期发生周期性出血，血液积聚在卵巢内形成囊肿，外观呈巧克力样。其发生与经血逆流等因素有关，比如女性在经期时，子宫内膜碎片可能通过输卵管逆流至盆腔，种植在卵巢表面等部位，从而逐渐形成巧克力囊肿。这种情况在有过宫腔操作史、经期剧烈运动等的女性中相对更易发生，且多见于育龄期女性。
2.炎症相关囊肿
盆腔炎症可波及卵巢，导致卵巢与周围组织粘连，炎症刺激卵巢形成囊肿。例如盆腔炎性疾病没有得到及时有效的治疗，炎症蔓延至卵巢，引起卵巢局部的炎性渗出、包裹等，进而形成囊肿。这种情况在有盆腔炎病史的女性中较为常见，不同年龄段女性都可能发生，但性生活活跃的育龄期女性相对风险更高。
（二）肿瘤性囊肿
1.卵巢上皮性肿瘤
包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等良性肿瘤以及浆液性囊腺癌、黏液性囊腺癌等恶性肿瘤。其具体发病原因尚不十分明确，但可能与遗传因素、长期的炎症刺激、内分泌失调等有关。例如某些遗传基因突变可能增加卵巢上皮性肿瘤的发生风险，有家族肿瘤遗传史的女性相对更易患此类肿瘤性囊肿；长期慢性的卵巢炎症等刺激可能导致卵巢上皮细胞异常增生，逐渐形成肿瘤性囊肿。不同年龄女性都可能发病，随着年龄增长，发病风险可能有所变化，恶性肿瘤多见于中老年女性。
2.生殖细胞肿瘤
如成熟畸胎瘤等，成熟畸胎瘤是最常见的卵巢生殖细胞肿瘤，其发病可能与生殖细胞异常分化等有关，具体机制尚不完全清楚，可发生于任何年龄，以育龄期女性多见。
3.性索间质肿瘤
包括颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等，这类肿瘤的发生可能与内分泌紊乱等因素有关，其发病机制与卵巢的内分泌功能异常等相关，不同年龄女性均可发病，部分肿瘤可能具有内分泌功能，导致相应的内分泌紊乱表现，如颗粒细胞瘤可能引起女性月经紊乱等。
