色素痣的形成受多种因素影响，包括遗传因素（部分色素痣具遗传倾向，家族聚集性使家族成员患病概率高于普通人群）、紫外线照射（长期暴露损伤皮肤细胞DNA，致黑色素细胞异常增殖分化形成色素痣，各年龄段均受影响，儿童更敏感）、胚胎发育时期异常（黑色素细胞迁移分化异常致先天性色素痣形成）、激素水平变化（青春期、孕期激素大幅波动刺激黑色素细胞等致色素痣形成，不同性别受影响程度有别）、种族因素（不同种族患色素痣概率有差异，白种人相对黑种人几率高）及免疫系统因素（免疫系统功能异常可能致皮肤细胞异常增殖分化形成色素痣）。
紫外线照射
对皮肤细胞的影响：长期暴露在紫外线（UV）下是导致色素痣形成的重要环境因素之一。紫外线中的紫外线B（UVB）和紫外线A（UVA）会损伤皮肤细胞的DNA。皮肤细胞中的黑色素细胞在受到紫外线刺激时，会过度活跃，产生更多的黑色素。在修复受损DNA等过程中，可能会出现细胞的异常增殖分化，从而形成色素痣。比如，长期从事户外工作且没有做好防晒措施的人群，相比室内工作者，患色素痣的几率往往更高。不同年龄段的人群都可能受到紫外线影响，儿童皮肤较娇嫩，对紫外线更为敏感，若长时间暴露在阳光下，更易因紫外线照射引发色素痣相关的皮肤细胞变化；成年人长期紫外线暴露也会不断积累对皮肤细胞的损伤，增加色素痣形成风险；老年人皮肤老化，本身对紫外线损伤的修复能力下降，紫外线照射也可能促使色素痣产生或变化。
胚胎发育时期的异常
在胚胎发育阶段，黑色素细胞的迁移和分化过程出现异常也会导致色素痣的形成。黑色素细胞在胚胎时期从神经嵴向表皮迁移，如果在迁移过程中出现停滞、异常聚集等情况，就会在皮肤表面形成色素痣。这种胚胎发育时期的异常是先天性色素痣产生的重要原因，先天性色素痣在出生时就可能存在，其形成机制主要与胚胎发育中黑色素细胞的异常行为相关。
激素水平变化
青春期与孕期：在青春期，体内激素水平大幅变化，雄激素等激素水平的改变可能影响皮肤中黑色素细胞的功能和皮肤细胞的代谢等，从而增加色素痣形成的可能性。女性在孕期时，体内激素水平发生显著波动，雌激素、孕激素等水平升高，这也可能刺激黑色素细胞的活性和皮肤细胞的变化，导致部分女性在孕期出现新的色素痣或者原有色素痣发生变化。不同性别在激素水平变化时受影响程度可能有所不同，女性在青春期和孕期由于激素变化更为显著，相对来说受激素水平变化影响患色素痣的风险可能相对更高一些，但男性在其他激素水平波动明显的情况（如某些疾病导致激素异常）下也可能受到影响。
其他因素
种族因素：不同种族人群患色素痣的概率存在差异，例如白种人相对黑种人患色素痣的几率可能更高一些，这与不同种族人群的皮肤色素含量、皮肤对各种因素的反应性等多种因素相关。白种人皮肤中的黑色素含量相对较少，在受到外界因素刺激时，皮肤细胞的变化更容易导致色素痣形成；而黑种人皮肤中黑色素含量高，对一些刺激的缓冲等情况不同，所以患色素痣的几率相对低。
免疫系统因素：免疫系统功能异常也可能与色素痣的形成有关。当免疫系统出现紊乱时，可能无法正常监控和调节皮肤细胞的增殖分化等过程，使得黑色素细胞等皮肤细胞出现异常增殖分化，进而形成色素痣。例如一些患有自身免疫性疾病的患者，由于免疫系统的异常状态，患色素痣的风险可能会增加，但具体的作用机制还在进一步的研究中。
