胚胎停育的常见原因包括染色体异常（父母因素或胚胎自身因素致染色体异常）、母体因素（内分泌失调、子宫异常、免疫因素）、环境因素（化学物质接触、辐射暴露）、感染因素（感染某些病原体致胚胎炎症反应）、生活方式因素（吸烟饮酒、过度劳累）。
父母因素：父母双方任何一方的染色体存在数目或结构异常，都可能遗传给胚胎，导致胚胎染色体异常，从而引发胚胎停育。例如，平衡易位携带者，其携带的异常染色体传递给胚胎后，可能干扰胚胎正常的发育进程。在年龄方面，女性年龄大于35岁后，卵子质量下降，染色体异常的概率增加；男性年龄增大时，精子质量也会受到影响，染色体异常的可能性升高。
胚胎自身因素：胚胎在发育过程中自身发生染色体突变，也会造成胚胎停育。这种情况往往是随机发生的，没有明显的外部诱因。
母体因素
内分泌失调：
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对维持妊娠至关重要，若黄体功能不全，孕酮分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致胚胎停育。研究表明，约30%-40%的复发性流产与黄体功能不全有关。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰胚胎的正常发育过程。无论是甲减还是甲亢，都可能导致胚胎停育的发生。
子宫异常：
子宫解剖结构异常：如子宫畸形（单角子宫、双角子宫等），子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间；宫腔粘连会使子宫内膜的容受性降低，不利于胚胎着床；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会占据宫腔空间，影响胚胎的生长环境。
子宫内膜病变：子宫内膜炎会破坏子宫内膜的正常结构和功能，影响胚胎的种植；子宫内膜过薄或过厚都不利于胚胎着床，例如人工流产术后可能导致子宫内膜损伤变薄，从而增加胚胎停育的风险。
免疫因素：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致胚胎停育。研究发现，患有自身免疫性疾病的女性胚胎停育的发生率明显高于正常人群。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受异常，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致胚胎停育。例如，母胎界面的免疫平衡失调，自然杀伤细胞活性过高等情况都可能引发同种免疫异常。
环境因素
化学物质接触：孕妇接触过多的有毒化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎发育，导致胚胎停育。例如，长期在含有高浓度化学物质的环境中工作的孕妇，胚胎停育的风险会增加。
辐射暴露：孕妇接受过量的辐射，如X射线、放射性物质等，辐射会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，干扰胚胎的正常发育，增加胚胎停育的可能性。例如，在非必要情况下进行腹部X线检查，可能会对胚胎造成不良影响。
感染因素：孕妇在孕期感染某些病原体，如风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫、单纯疱疹病毒等，这些病原体可通过胎盘感染胚胎，引起胚胎炎症反应，导致胚胎停育。例如，孕期感染风疹病毒，在妊娠早期感染时，约10%-20%的胎儿会发生严重的先天性畸形，甚至胚胎停育。
生活方式因素
吸烟饮酒：孕妇吸烟会摄入尼古丁等有害物质，这些物质会影响胎盘的血液循环，减少胚胎的血液供应；饮酒会导致酒精通过胎盘进入胚胎，干扰胚胎的正常发育，增加胚胎停育的风险。有研究表明，每天吸烟超过10支或每周饮酒超过4次的孕妇，胚胎停育的发生率明显高于不吸烟饮酒的孕妇。
过度劳累：长期过度劳累使孕妇身体处于应激状态，可能影响内分泌系统和免疫系统的平衡，从而对胚胎发育产生不利影响，增加胚胎停育的可能性。
