附件囊肿的发生有多种因素，包括生理性因素如正常卵泡或黄体形成、子宫内膜异位到卵巢；病理性因素如炎症（盆腔炎症累及附件、结核杆菌感染）、肿瘤（良性的浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤，恶性的卵巢上皮性癌、性索间质肿瘤）；其他因素如生活方式（长期不良生活方式影响内分泌）、内分泌（激素水平失衡）、遗传（部分与遗传因素有关）。
一、生理性因素
（一）正常卵泡或黄体形成
女性的卵巢具有正常的生理功能，在排卵期时，卵泡会发育成熟并排卵，正常大小的卵泡有时可能被误认为是附件囊肿，一般卵泡直径多在18-25mm，排卵后卵泡液流出，卵泡壁塌陷形成黄体，黄体也可能在短期内形成类似囊肿样的结构，通常会随着月经周期的进展而自然消失，这种情况在有正常月经周期的女性中较为常见，与女性自身的内分泌周期性变化密切相关。
（二）子宫内膜异位到卵巢
子宫内膜组织本应在子宫腔内生长，但由于某些原因，子宫内膜组织异位到卵巢上，随着月经周期的变化，异位的子宫内膜也会出现周期性出血，从而形成囊肿，这种情况在有生育史、多次宫腔操作史或有家族遗传易患因素的女性中相对更易发生，年龄方面多见于生育年龄的女性，因为此阶段女性的内分泌活动较为活跃，为子宫内膜异位提供了一定条件。
二、病理性因素
（一）炎症因素
1.盆腔炎症累及附件
盆腔的炎症，如输卵管炎、卵巢炎等，炎症的长期刺激会导致附件部位的组织发生粘连、渗出等改变，进而形成囊肿。例如，慢性输卵管卵巢炎，炎症使输卵管伞端粘连闭锁，浆液性渗出物积聚形成输卵管积水，或者卵巢与输卵管粘连包裹形成炎性包块，这种情况在有盆腔感染病史，如既往有不洁性生活史、曾患盆腔炎未彻底治愈的女性中较为常见，年龄上没有严格的特定范围，但育龄女性相对更易受盆腔炎症影响。
2.结核杆菌感染
结核杆菌感染也可能累及附件，引起附件结核性囊肿。结核杆菌可通过血行传播等途径到达附件部位，导致输卵管、卵巢等组织发生结核病变，形成囊肿样改变，这种情况在有结核病史或接触过结核患者的人群中可能发生，年龄上各个年龄段都有可能，但在抵抗力相对较弱的人群中更易发病。
（二）肿瘤因素
1.良性肿瘤
浆液性囊腺瘤：是常见的良性卵巢肿瘤，可能与卵巢上皮细胞的异常增生有关，具体的发病机制尚不完全明确，但一般认为与卵巢的组织学变化以及内分泌因素等有关，好发于育龄女性，单侧发病较为常见，肿瘤大小不一。
黏液性囊腺瘤：也是卵巢常见的良性肿瘤，同样与卵巢上皮细胞的异常增殖相关，其发生可能与卵巢的分泌功能等因素有关，多见于育龄女性，可单侧或双侧发病，肿瘤体积往往相对较大。
2.恶性肿瘤
卵巢上皮性癌：是常见的卵巢恶性肿瘤，发病机制较为复杂，可能与遗传因素、基因突变、长期的炎症刺激等多种因素有关。有家族遗传史的女性，如携带BRCA1/BRCA2等基因突变的女性，患卵巢上皮性癌的风险明显增加，发病年龄多在绝经后女性，但近年来也有年轻化的趋势。
性索间质肿瘤：如颗粒细胞瘤等，其发病可能与内分泌紊乱以及细胞的异常增殖分化有关，在各个年龄段都可能发生，但有其相对好发的年龄阶段，部分类型可能与女性内分泌状态密切相关。
三、其他因素
（一）生活方式因素
长期的不良生活方式可能影响女性的内分泌功能，从而增加附件囊肿的发生风险。例如，长期熬夜、过度劳累会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常调节；长期的精神压力过大，会通过神经内分泌系统影响激素的分泌，导致内分泌失调，进而影响卵巢的正常功能，增加附件囊肿的发生几率。此外，不健康的饮食习惯，如长期高热量、高脂肪饮食，也可能对内分泌产生不良影响，从而与附件囊肿的发生相关。
（二）内分泌因素
体内激素水平的失衡是附件囊肿发生的重要因素之一。例如，雌激素水平过高可能刺激卵巢上皮细胞过度增殖，增加良性囊肿的发生风险；孕激素水平异常也可能影响卵巢的正常周期性变化，导致囊肿形成。在一些内分泌疾病患者中，如多囊卵巢综合征患者，由于其体内雄激素水平升高、雌激素相对失衡等内分泌紊乱情况，往往更容易出现附件囊肿相关的病变，多囊卵巢综合征好发于育龄女性，主要与患者自身的内分泌代谢异常有关。
（三）遗传因素
部分附件囊肿的发生与遗传因素有关。例如，某些遗传性疾病可能增加附件囊肿的发病风险，如一些家族性的卵巢肿瘤综合征等，存在特定基因突变的家族成员，其患附件囊肿尤其是恶性附件囊肿的概率比正常人群明显增高，遗传因素在这些家族性聚集发病的情况中起到了关键作用，需要对有家族遗传倾向的人群加强监测。
