细菌性阴道炎的主要病因包括阴道菌群失调（长期用抗生素、雌激素水平变化致乳杆菌优势打破，其他病菌尤其是加德纳菌等厌氧菌过度生长）、性行为因素（多个性伴侣、新性伴侣更换等改变阴道菌群平衡）、其他因素（育龄期因雌激素水平高易菌群失调，绝经后因雌激素下降局部抵抗力降；不注意外阴清洁、穿紧身不透气内裤等生活方式；有妇科手术史、既往阴道炎症病史等病史因素）。
阴道菌群失调
正常阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势，它可以维持阴道的酸性环境（pH值通常在3.8-4.4之间），抑制其他病原体生长。当阴道内环境发生改变，如长期使用抗生素、雌激素水平变化等情况时，乳杆菌的优势地位被打破，其他病菌大量繁殖，尤其是加德纳菌等厌氧菌过度生长，从而引发细菌性阴道炎。例如，长期滥用广谱抗生素会抑制乳杆菌生长，使其他病菌有机会大量繁殖导致发病。
性行为因素
多个性伴侣、新性伴侣的更换等性行为相关因素与细菌性阴道炎的发生有关。因为性行为可能会改变阴道内的菌群平衡，增加病原体侵入的风险。有研究表明，有多个性伴侣的女性患细菌性阴道炎的概率相对较高。
其他因素
年龄因素：育龄期女性由于雌激素水平相对较高，阴道内环境易受多种因素影响而发生菌群失调，所以育龄期女性是细菌性阴道炎的高发人群；而绝经后女性由于雌激素水平下降，阴道黏膜变薄，局部抵抗力降低，也可能增加患病风险，但相对育龄期女性来说，发病机制和育龄期有所不同，主要与局部抵抗力下降相关。
生活方式因素：不注意外阴清洁卫生，长时间穿紧身不透气的内裤等，会使阴道局部温度和湿度升高，有利于病菌生长繁殖，增加患细菌性阴道炎的可能性。例如，长期穿着紧身化纤内裤，会影响阴道的通气性，为病菌营造适宜的生长环境。
病史因素：有妇科手术史、曾经有过阴道炎症病史等情况的女性，其阴道局部的防御功能可能受到影响，更容易发生细菌性阴道炎。比如既往有过严重阴道炎症未彻底治愈的女性，阴道内环境已经处于不稳定状态，再次发生菌群失调引发细菌性阴道炎的几率增加。
