尿道下裂的发生与遗传因素、激素水平异常、环境因素及其他因素有关。遗传因素有一定倾向，基因突变等可致发病风险增加；激素水平异常包括胎儿期雄激素分泌不足和受体异常影响尿道发育；环境因素有孕期接触有害物质（如邻苯二甲酸酯类、农药等）和患某些疾病（如糖尿病、风疹病毒感染等）；其他因素包括胎儿发育机械因素和多胎妊娠等。
激素水平异常
胎儿期雄激素分泌不足：在胚胎发育过程中，雄激素对于男性外生殖器的正常分化和发育至关重要。如果胎儿期雄激素分泌不足，会影响尿道海绵体的发育以及尿道沟的融合，从而导致尿道下裂的发生。例如，母体在孕期某些原因导致雄激素合成减少或作用异常，就可能干扰胚胎外生殖器的正常形成过程。
激素受体异常：即使体内雄激素水平正常，但如果雄激素受体出现异常，使得雄激素不能正常发挥作用，也会影响尿道的发育。这会导致尿道沟融合障碍等问题，进而引发尿道下裂。
环境因素
孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触某些有害物质可能增加胎儿患尿道下裂的风险。例如，接触一些化学毒物，如邻苯二甲酸酯类物质，这类物质可能干扰内分泌系统，影响胎儿雄激素的正常作用，从而影响尿道的发育。另外，孕期母亲暴露于某些农药等环境污染物中，也可能对胚胎发育产生不良影响，增加尿道下裂的发生几率。
孕期疾病影响：孕妇在孕期患有某些疾病也可能影响胎儿尿道的发育。比如孕妇患有糖尿病，高血糖环境可能会影响胚胎的正常发育，包括尿道的形成，使得尿道下裂的发病风险升高。还有孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，也可能通过影响胚胎发育过程而导致尿道下裂的发生。
其他因素
胎儿发育过程中的机械因素：在胚胎发育过程中，一些机械因素也可能对尿道下裂的发生产生影响。例如，胎儿在子宫内的位置异常、活动度等可能会对尿道的发育造成一定的机械性干扰，虽然这种情况相对较少见，但也是可能的影响因素之一。
多胎妊娠：多胎妊娠的胎儿发生尿道下裂的几率相对单胎妊娠有所增加。这可能与多胎妊娠时子宫内环境相对复杂，营养分配相对不均衡等因素有关，进而影响胎儿尿道的正常发育。
