子宫发育不良与遗传因素、内分泌因素、胚胎期发育障碍有关。遗传方面部分子宫发育不良与基因相关；内分泌上性激素水平异常或垂体功能异常会影响；胚胎期母体因素（感染、接触有害物质、营养不良）或胚胎自身发育缺陷会致子宫发育不良。
内分泌因素
性激素水平异常：在女性的生殖发育过程中，性激素起着关键作用。雌激素和孕激素是调节子宫发育的重要性激素。如果在胚胎期或青春期前，体内性激素水平出现异常，如雌激素分泌不足或孕激素协同作用失调，就会影响子宫的正常发育。例如，雌激素是促进子宫细胞增殖、分化和生长的重要激素，当雌激素水平低于正常生理需求时，子宫的生长可能受到限制，导致子宫发育不良。在青春期，性激素的周期性变化对于子宫的进一步成熟也至关重要，若性激素分泌紊乱，会干扰子宫达到正常的解剖结构和功能状态。
垂体功能异常：垂体分泌的促性腺激素，包括促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），对卵巢功能及性激素分泌有调控作用，进而影响子宫发育。垂体病变导致促性腺激素分泌不足，会使卵巢功能低下，性激素分泌减少，从而影响子宫的发育。比如垂体肿瘤等疾病可能破坏垂体正常的内分泌功能，使得促性腺激素分泌量减少，最终影响子宫的发育状况。
胚胎期发育障碍
母体因素影响胚胎发育：在胚胎发育的关键时期，若母体受到某些不利因素影响，可能干扰子宫的正常发育。例如，母亲在妊娠早期感染某些病毒，如风疹病毒等，病毒可能通过胎盘影响胚胎的发育，包括子宫的发育。此外，母亲在孕期接触某些有害物质，如化学毒物、放射性物质等，也可能损害胚胎组织，导致子宫发育异常。还有母亲孕期营养不良，无法为胚胎提供充足的营养物质，影响子宫等器官的正常分化和形成。
胚胎自身发育缺陷：胚胎在发育过程中，自身的基因表达或细胞分化出现异常，也会导致子宫发育不良。例如，胚胎细胞在增殖、迁移和分化过程中出现差错，使得构成子宫的组织和结构不能正常形成。这种胚胎自身的发育缺陷可能是由于基因突变、染色体异常等内在因素引起，从而使得子宫在胚胎期就没有发育到正常的形态和结构。
