尿道口下裂的发生与遗传因素、激素水平异常、环境因素及其他因素有关，遗传因素有家族遗传倾向，激素水平异常中胎儿自身雄激素合成或受体异常关键，环境因素包括接触污染物，其他因素涉及母亲基础疾病、孕妇年龄及营养状况等影响胎儿外生殖器发育。
激素水平异常
在胚胎发育过程中，雄激素的水平和作用至关重要。如果在胎儿发育早期，雄激素合成不足或者雄激素受体异常，会影响外生殖器的正常发育，从而导致尿道口下裂。男性胎儿的正常外生殖器发育依赖于足够的雄激素刺激。例如，先天性肾上腺皮质增生症等疾病可能导致雄激素合成障碍，进而增加胎儿发生尿道口下裂的风险。不同性别中男性胎儿因为其性别发育对雄激素更为敏感，所以尿道口下裂主要发生在男性婴儿中。孕期母亲的激素水平一般不会直接导致胎儿尿道口下裂，但胎儿自身的激素合成及作用异常是关键，对于有激素相关疾病家族史的孕妇，需在孕期加强胎儿相关监测。
环境因素
孕期接触某些环境污染物可能会影响胎儿外生殖器的发育。例如，孕期接触多氯联苯、邻苯二甲酸酯等化学物质，可能干扰胎儿的激素平衡和发育过程，增加尿道口下裂的发生风险。不同生活方式的孕妇，如长期接触工业污染环境、频繁接触某些化学制剂等，其胎儿患尿道口下裂的风险相对较高。对于孕期女性，应尽量避免接触有害环境污染物，保持健康的生活环境，如居住环境远离工业污染源，减少接触可能有害的化学物质等。在职业环境中可能接触相关污染物的女性，需做好防护措施，以降低对胎儿发育的不良影响。
其他因素
孕期母亲的一些基础疾病也可能对胎儿发育产生影响。例如，母亲在孕期患有糖尿病等疾病，可能会改变宫内环境，影响胎儿外生殖器的正常发育，进而增加尿道口下裂的发生几率。不同年龄的孕妇，高龄孕妇相对来说胎儿发生染色体异常及结构发育异常的风险可能略有不同，但对于尿道口下裂的具体影响机制还需进一步研究。不过高龄孕妇在孕期需更加注重产检，密切关注胎儿发育情况。此外，孕期的营养状况也可能有一定关联，孕妇营养不良可能影响胎儿的正常发育，但目前关于营养与尿道口下裂的具体因果关系还需更多研究来明确。
