食管间质瘤症状多样且因个体及肿瘤因素有差异，常见吞咽困难、消化道出血、腹痛，较大肿瘤可致腹部包块，少数有体重减轻、乏力等全身症状，转移时出现相应转移部位症状。
吞咽困难：当肿瘤生长到一定大小，占据食管腔空间，会阻碍食物通过食管，从而引起吞咽困难。肿瘤较小的时候可能只是吞咽时有异物感，随着肿瘤增大，吞咽困难会逐渐加重，严重时甚至连流质食物都难以咽下。对于儿童患者，可能表现为进食时出现抗拒、进食速度变慢等情况；成年患者则可能自觉食物通过食管的过程不顺畅。
消化道出血：肿瘤表面的黏膜可能会因受到刺激或发生破溃而引起出血。出血程度可轻可重，轻度出血可能仅表现为大便隐血试验阳性，通过实验室检查才能发现；较重的出血则可能出现呕血、黑便等症状。如果是老年患者，本身可能存在一些基础疾病，消化道出血可能会加重其身体的不适，影响营养状况；儿童患者出现消化道出血相对少见，但一旦发生也需要引起重视。
腹痛：部分患者可能会出现腹痛症状，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛或钝痛等。疼痛的部位通常与肿瘤所在的食管部位相关，一般在上腹部或胸部后方。对于不同年龄段的患者，腹痛的表现可能有所不同，儿童患者可能不太会准确表达疼痛的部位，更多表现为哭闹、烦躁等；成年患者可以更准确地描述腹痛的性质和部位。
腹部包块：当肿瘤生长较大时，有可能在腹部触及到包块。但这种情况相对较少见，一般在肿瘤体积较大且位于食管下段靠近腹部的位置时才有可能触及。对于儿童患者，家长如果发现腹部有异常包块，应及时带孩子就医检查；成年患者自己若摸到腹部包块也需提高警惕，尽快进行相关检查以明确病因。
其他少见症状：少数患者可能会出现体重减轻、乏力等全身症状，这是因为肿瘤消耗身体能量以及影响进食导致营养摄入不足等原因引起。对于老年患者，体重减轻和乏力可能会使其原有的基础疾病加重，进一步影响生活质量；儿童患者出现体重减轻可能会影响其生长发育。另外，若肿瘤发生转移，还可能出现转移部位相应的症状，如转移至肝脏可出现肝区疼痛、黄疸等，转移至肺部可出现咳嗽、咯血等，但这些相对来说是比较晚期的表现。
