包皮龟头炎的治疗包括一般治疗、局部治疗、全身治疗和手术治疗。一般治疗需保持局部清洁卫生、避免不洁性行为；局部治疗根据不同类型采用相应药物湿敷或外用，如细菌性用依沙吖啶溶液等，念珠菌性用碳酸氢钠溶液和抗真菌药等，阿米巴性用依沙吖啶等湿敷和依米丁软膏等；病情较重或有全身症状者需全身应用抗生素或抗真菌药物；包皮过长或包茎反复发作者急性炎症控制后可考虑包皮环切术，婴幼儿一般先保守治疗，严重包茎影响排尿需处理，老年患者要评估身体状况，手术前后注意护理。
避免不洁性行为，防止交叉感染。如果是由于不洁性行为引起的感染，性伴侣也可能需要同时进行检查和治疗。
局部治疗
细菌性包皮龟头炎：可使用依沙吖啶溶液湿敷，或外用莫匹罗星软膏等抗生素药膏。依沙吖啶溶液具有杀菌、收敛的作用，能减轻局部的炎症反应和渗出。
念珠菌性包皮龟头炎：可用碳酸氢钠溶液清洗患部后，外用咪康唑霜、克霉唑霜等抗真菌药物。碳酸氢钠溶液能改变局部的酸碱度，不利于念珠菌生长，抗真菌药物则直接针对病原体发挥作用。
阿米巴性包皮龟头炎：应用依沙吖啶或高锰酸钾溶液湿敷后，外用依米丁软膏等。依沙吖啶或高锰酸钾溶液有消毒、清洁创面的作用，依米丁软膏对阿米巴原虫有抑制作用。
全身治疗
病情较重或伴有全身症状者：如果患者出现发热、淋巴结肿大等全身症状，可能需要口服或静脉应用抗生素。例如，对于细菌感染严重的情况，可根据病原菌药敏试验结果选用敏感抗生素，如头孢菌素类等。对于念珠菌性包皮龟头炎全身症状明显者，可口服氟康唑等抗真菌药物。
手术治疗
包皮过长或包茎引起反复发作者：在急性炎症控制后，可考虑行包皮环切术。例如，包皮过长者，由于包皮内易藏污纳垢，反复刺激容易导致包皮龟头炎反复发作，通过包皮环切术切除过长的包皮，可从根源上解决问题。对于婴幼儿的包皮龟头炎，一般不首先考虑手术，多采取局部清洁等保守治疗，但如果存在严重的包茎影响排尿等情况，也需要及时处理。在手术前后都要注意局部的护理，保持伤口清洁，避免感染。对于老年患者，要评估其身体状况，确保手术安全，术后要注意观察伤口愈合情况，加强护理，预防并发症。
