新生儿肺不张的原因包括气道阻塞相关（胎粪堵塞、黏液堵塞、气道受压）、肺泡表面活性物质相关（表面活性物质缺乏）、神经肌肉因素相关（中枢神经系统病变、周围神经肌肉病变）及其他因素（胸廓畸形、长时间仰卧）。
黏液堵塞：新生儿本身气道较狭窄，若存在呼吸道感染等情况，气道内分泌物增多，如黏液分泌过多且排出不畅时，就会堵塞气道，引发肺不张。新生儿免疫系统发育不完善，容易受到病毒、细菌等感染，感染后气道黏膜充血、水肿，黏液分泌增加，若不能及时排出，就会阻塞气道。
气道受压：纵隔肿瘤、巨大的胸腺等可压迫气道，导致气道部分或完全阻塞，进而引起肺不张。比如纵隔肿瘤的占位效应，会挤压周围的气道结构，使肺部通气受限，造成相应部位的肺不张。
肺泡表面活性物质相关原因
表面活性物质缺乏：新生儿尤其是早产儿，肺泡Ⅱ型细胞发育不完善，容易导致肺泡表面活性物质合成不足。肺泡表面活性物质具有降低肺泡表面张力的作用，缺乏时肺泡表面张力增加，肺泡易于萎陷，从而引发肺不张。早产儿胎龄越小，肺泡Ⅱ型细胞越不成熟，表面活性物质的含量就越低，发生肺不张的风险也就越高。
神经肌肉因素相关原因
中枢神经系统病变：如新生儿缺氧缺血性脑病、颅内出血等中枢神经系统病变，可影响呼吸中枢的功能，导致呼吸肌无力或不协调，进而引起肺不张。例如新生儿缺氧缺血性脑病时，脑组织受损会影响呼吸中枢的正常调控，使呼吸运动不能有效进行，肺部通气不足，部分肺泡无法正常扩张。
周围神经肌肉病变：某些先天性神经肌肉疾病，如先天性肌无力等，可导致呼吸肌力量减弱，影响肺部的通气功能，引发肺不张。这类疾病会使呼吸肌的收缩能力下降，不能产生足够的力量来维持肺泡的扩张，从而出现肺不张的情况。
其他因素
胸廓畸形：先天性胸廓畸形，如漏斗胸、鸡胸等，可影响胸廓的正常运动，限制肺部的扩张，导致肺不张。胸廓畸形会改变胸腔的容积，使肺部的空间受限，影响肺泡的正常充气，进而引发肺不张。
长时间仰卧：新生儿长时间仰卧，尤其是喂奶后仰卧，胃内容物容易反流至气道，引起气道阻塞，导致肺不张。新生儿的食管下括约肌发育不完善，容易出现反流现象，仰卧时反流物更易进入气道，堵塞气道引发肺不张。
