胎儿单心房单心室的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关。遗传因素包括染色体异常和单基因遗传病变；环境因素有孕期感染、接触有害物质、不良生活方式；其他因素涉及孕期母亲的基础疾病如糖尿病等影响胎儿心脏发育。
单基因遗传病变：一些单基因的突变可导致心脏发育过程出现障碍。例如，与心脏发育相关的特定基因发生突变，如NKX2-5基因等，该基因在心脏早期发育中起着关键作用，其突变会干扰心脏的分隔过程，正常情况下心脏会逐渐分隔为心房和心室，而基因异常会使这一分隔过程出现异常，最终导致单心房单心室的结构。
环境因素
孕期感染：孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒。在妊娠早期（尤其是妊娠前3个月）感染风疹病毒，病毒可通过胎盘感染胎儿，影响心脏的正常发育。风疹病毒会干扰心脏的胚胎发育过程，导致心脏的分隔结构不能正常形成，从而引发单心房单心室等心脏畸形。另外，巨细胞病毒感染、柯萨奇病毒感染等也可能对胎儿心脏发育产生不良影响，增加单心房单心室的发生风险。
孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触某些有害物质，如放射性物质。如果孕妇在妊娠期间接受过量的放射性检查或处于高辐射环境中，辐射可能会损伤胎儿的细胞，影响心脏发育相关的细胞分化和组织形成，导致心脏结构异常。还有，孕妇长期接触某些化学毒物，如苯及其衍生物等，这些化学物质可通过胎盘进入胎儿体内，干扰心脏发育的正常进程，增加胎儿出现单心房单心室等心脏畸形的几率。
孕期不良生活方式：孕妇孕期酗酒，酒精可通过胎盘进入胎儿体内，对胎儿的心脏发育产生毒性作用。酒精会影响心脏发育相关的细胞代谢和信号传导通路，阻碍心脏的正常分隔，导致单心房单心室等心脏结构异常。孕妇孕期吸烟，烟草中的尼古丁等有害物质会减少胎盘的血流灌注，使胎儿处于缺氧状态，而缺氧环境会影响心脏的正常发育，增加胎儿发生心脏畸形包括单心房单心室的可能性。
其他因素
孕期母亲的基础疾病：孕妇患有糖尿病等基础疾病。如果孕妇在孕期患有未控制好的糖尿病，高血糖环境会影响胎儿的代谢，干扰心脏发育相关的生化过程。高血糖可导致胎儿体内的糖代谢异常，影响心脏细胞的增殖、分化和组织构建，从而增加胎儿出现单心房单心室等心脏畸形的风险。
