小孩脑炎是否有后遗症取决于脑炎类型、病情严重程度、治疗是否及时有效及自身身体状况等，早期明确类型、积极治疗等对减少后遗症至关重要，家长发现疑似表现应尽快带小孩就医。
病毒性脑炎：不同病毒引起的病毒性脑炎预后有差异，例如肠道病毒引起的病毒性脑炎，大多数患儿预后较好，仅有少数可能遗留轻微神经系统后遗症，如行为异常、学习困难等；而单纯疱疹病毒性脑炎病情往往较为严重，若未及时诊治，约2/3的患儿会遗留严重的神经系统后遗症，如认知障碍、癫痫、运动障碍等。
细菌性脑炎：化脓性脑膜炎若能早期诊断并得到恰当治疗，部分患儿可痊愈，但若诊治不及时，可能会出现严重的后遗症，如脑积水、智力低下、癫痫、听力障碍等。
其他类型脑炎：如结核性脑炎，经过规范抗结核治疗，早期患儿后遗症相对较少，但若延误治疗，也容易出现脑积水、脑神经损害（如面神经、动眼神经等受累）、肢体瘫痪等后遗症。
病情严重程度：
脑炎发病时症状较重，如出现持续高热、频繁抽搐、昏迷时间较长等情况，发生后遗症的风险相对较高。例如患儿抽搐呈持续状态，会导致大脑神经元进一步受损，从而增加遗留癫痫等后遗症的可能性。
病情较轻，如仅有轻度发热、头痛、轻度精神行为异常等，经过及时有效的治疗，遗留后遗症的几率相对较低。
治疗是否及时有效：
一旦小孩怀疑脑炎，能在发病早期就及时送往医院进行规范的诊断和治疗，如病毒性脑炎早期使用阿昔洛韦等抗病毒药物、细菌性脑炎选用敏感抗生素等，可大大降低后遗症的发生风险。相反，若延误治疗，错过最佳治疗时机，会使脑组织受损进一步加重，增加后遗症发生的可能性。
患儿自身的身体状况：
年龄较小的婴儿，脑组织发育尚未完善，对脑炎的耐受性和修复能力相对较差，发生后遗症的风险可能高于年龄稍大的儿童。比如新生儿患脑炎，由于其血脑屏障功能不完善等因素，更容易导致脑组织损伤，进而遗留后遗症。
患儿本身有基础疾病，如先天性免疫缺陷等，会影响机体对脑炎的抵抗和修复能力，使得脑炎恢复过程更复杂，增加出现后遗症的几率。
小孩脑炎是否会有后遗症不能一概而论，早期明确脑炎类型、积极治疗、关注病情严重程度以及患儿自身状况等对于减少后遗症的发生至关重要。家长一旦发现小孩有发热、头痛、呕吐、精神差等疑似脑炎的表现，应尽快带小孩就医。
