巧克力囊肿是子宫内膜异位症常见类型，其成因包括经血逆流种植（月经时内膜随经血逆流种植致发病，生殖道畸形等使逆流概率高）、体腔上皮化生（腹膜等体腔上皮受刺激化生为内膜样组织形成）、免疫因素（免疫功能异常致无法清除异位内膜致生长成囊肿）、遗传因素（家族有相关病者发病风险增加，基因影响患病倾向）、内分泌因素（雌激素过高促进内膜异位症发展增加发病几率）
经血逆流种植：女性在月经期间，子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，而后逐渐生长、蔓延，形成巧克力囊肿。正常情况下，子宫内膜每月会周期性脱落形成月经，但当经血逆流这一现象出现时，就为子宫内膜异位到其他部位创造了条件，尤其是对于那些有生殖道畸形、经血流出不畅等情况的女性，经血逆流的概率相对更高，进而增加了巧克力囊肿的发生风险。
体腔上皮化生：腹膜、卵巢表面等体腔上皮在某些因素刺激下，可化生为子宫内膜样组织，从而形成巧克力囊肿。例如，长期的炎症刺激、遗传因素等可能会促使体腔上皮发生这种化生改变，使得原本不属于子宫内膜的部位出现了类似子宫内膜的组织，这些组织会像正常子宫内膜一样随月经周期发生出血等变化，逐渐形成囊肿。
免疫因素：机体的免疫功能异常也与巧克力囊肿的发生有关。正常情况下，免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜组织，但当免疫功能出现缺陷时，就无法有效清除这些异位组织，导致其在盆腔内持续生长，逐渐形成巧克力囊肿。比如，一些患有自身免疫性疾病的女性，其免疫系统处于异常状态，更容易发生子宫内膜异位症相关的巧克力囊肿。
遗传因素：遗传易感性在巧克力囊肿的发生中也起到一定作用。如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症相关疾病，那么个体发生巧克力囊肿的风险可能会增加。研究表明，某些基因的突变或多态性与子宫内膜异位症的易感性相关，这些遗传因素会影响个体的发病倾向，但并非绝对会发病，只是相对增加了患病的可能性。
内分泌因素：雌激素水平过高可能促进子宫内膜异位症的发展，进而增加巧克力囊肿的发生几率。女性体内雌激素的周期性变化对子宫内膜的生长和脱落起着重要作用，当雌激素水平异常升高时，会刺激子宫内膜异位组织的生长，使其不断增大，形成囊肿。例如，长期服用含有雌激素的药物、患有内分泌疾病导致雌激素分泌紊乱等情况，都可能与巧克力囊肿的发生相关。
