儿童脑炎的引发因素多样，包括病原体感染（病毒、细菌、结核分枝杆菌、真菌等可分别导致相应类型脑炎）、自身免疫因素相关（自身免疫性脑炎与自身抗体攻击神经细胞等有关）、机体免疫状态影响（儿童自身免疫功能不完善及免疫缺陷病使易患脑炎）、其他相关因素（基础疾病及环境因素会增加脑炎发病风险）。
细菌感染：肺炎链球菌、B族链球菌、流感嗜血杆菌b型等细菌可导致化脓性脑炎。细菌可通过血液循环到达脑部引发感染，比如新生儿可能因分娩过程中接触产道内带菌分泌物而感染B族链球菌导致脑炎；年长儿可能因肺炎等细菌感染后，细菌经血行播散至脑部引起炎症。
其他病原体感染：如结核分枝杆菌可引起结核性脑炎，通常是由身体其他部位的结核病灶（如肺结核）经血行播散至脑部所致；真菌（如新型隐球菌）感染也可引发脑炎，多发生在免疫功能低下的儿童，如长期使用免疫抑制剂的儿童等。
自身免疫因素相关
自身免疫性脑炎：部分儿童可能因自身免疫反应异常导致脑炎。例如，抗N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）脑炎在儿童中并不罕见，患者体内产生的自身抗体攻击神经细胞上的NMDAR，从而引发一系列神经精神症状及脑炎表现，其具体发病机制可能与遗传易感性和环境因素共同作用有关，比如某些感染可能触发自身免疫反应的启动。
机体免疫状态影响
儿童自身免疫功能特点：儿童尤其是婴幼儿时期，免疫系统尚未完全发育成熟，相对脆弱，对病原体的抵御能力较弱，更容易受到病原体的侵袭而引发脑炎。例如，新生儿血-脑屏障功能尚不完善，病原体更易透过血-脑屏障进入脑部引起感染。
免疫缺陷状态：患有先天性免疫缺陷病的儿童，如严重联合免疫缺陷病等，由于机体免疫功能存在先天性缺陷，对各种病原体的抵抗力极低，发生脑炎的风险显著高于正常儿童。这类儿童一旦接触到病原体，就容易引发严重的中枢神经系统感染。
其他相关因素
基础疾病影响：患有某些基础疾病的儿童，如糖尿病等，机体的代谢和免疫状态可能受到影响，从而增加了脑炎的发病风险。糖尿病患儿血糖控制不佳时，机体的免疫功能可能出现紊乱，更易遭受病原体侵袭导致中枢神经系统感染。
环境因素：儿童所处的环境中如果存在较多病原体，如在传染病流行季节，接触到大量携带病原体的人群或被污染的环境，也会增加感染病原体引发脑炎的可能性。比如在流感流行季，儿童如果未做好防护，接触到流感病毒后，就有可能进一步发展为脑炎。
