小便分叉可由生理性和病理性因素引起。生理性因素如晨起时尿道分泌物暂阻塞；病理性因素包括前列腺炎（伴尿频、尿急、尿痛、会阴部胀痛等）、尿道炎（伴尿道刺痒、尿频、尿道分泌物增多等）、尿道结石（伴排尿困难、尿痛、血尿等）、尿道狭窄（表现为进行性排尿困难、尿线变细等）、前列腺增生（多见于中老年男性，伴尿频、尿急、夜尿增多、排尿困难等，严重可致尿潴留）。
一、生理性因素
（一）尿道分泌物暂阻塞
男性在晨起时可能出现小便分叉，这是因为经过一夜的睡眠，尿道中会有少量分泌物积聚，导致尿道暂时不畅通，排尿时出现分叉现象，这种情况属于正常的生理现象，一般排尿后可自行缓解。
二、病理性因素
（一）前列腺炎
发病机制：前列腺发生炎症时，会导致前列腺充血、肿胀，压迫尿道，使得尿道变窄，从而引起小便分叉。前列腺炎的发生可能与细菌感染、不良生活方式（如长期久坐、酗酒等）有关。在青壮年男性中较为常见，不同生活方式会影响前列腺的健康状态，长期久坐会阻碍前列腺部位的血液循环，增加前列腺炎的发病风险。
伴随症状：除小便分叉外，还可能伴有尿频、尿急、尿痛、会阴部胀痛等症状。
（二）尿道炎
发病机制：尿道炎是尿道黏膜的炎症，致病菌感染尿道后，会引起尿道黏膜水肿、增生，甚至形成瘢痕，导致尿道狭窄，出现小便分叉。尿道炎可通过性传播等途径感染，不良的性行为方式等生活方式因素会增加尿道炎的患病几率。
伴随症状：常伴有尿道刺痒、尿频、尿道分泌物增多等症状。
（三）尿道结石或狭窄
尿道结石：
发病机制：尿道内的结石会阻塞尿道，使尿液排出不畅，出现小便分叉。尿道结石的形成与尿液中某些成分沉积有关，长期饮水过少等生活方式会增加尿道结石的形成风险。
伴随症状：可伴有排尿困难、尿痛，有时还会出现血尿。
尿道狭窄：
发病机制：先天性尿道狭窄或后天因尿道损伤、感染等因素导致尿道狭窄，尿液通过狭窄部位时会出现分叉。比如尿道损伤后没有得到规范治疗，可能会引起尿道狭窄。
伴随症状：主要表现为进行性排尿困难，尿线变细等。
（四）前列腺增生
发病机制：多见于中老年男性，随着年龄增长，前列腺逐渐增生，压迫尿道，导致尿道变窄，出现小便分叉。年龄是一个重要因素，随着年龄增加，前列腺增生的发病率逐渐升高，此外，一些不良的生活习惯如长期酗酒、久坐等也可能加重前列腺增生的进程。
伴随症状：除小便分叉外，还可有尿频、尿急、夜尿增多、排尿困难等症状，严重时可导致尿潴留。
