念珠菌性包皮龟头炎病因包括念珠菌感染（内源性和外源性）、局部因素（包皮过长或包茎、个人卫生习惯不佳）、机体免疫功能状况（免疫力低下人群、婴幼儿及儿童、老年人）、其他因素（长期使用广谱抗生素、糖尿病患者）。
内源性感染：人体自身存在念珠菌，正常情况下处于共生状态，当机体抵抗力下降时，念珠菌大量繁殖引发感染。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体免疫功能相对低下，念珠菌容易在体内滋生并侵犯包皮龟头部位导致炎症。
外源性感染：通过性接触传播，与感染念珠菌的女性发生性行为，可被传染致病；也可因接触被念珠菌污染的衣物、毛巾等间接感染。
局部因素
包皮过长或包茎：包皮过长者包皮内板容易积聚包皮垢，为念珠菌的生长提供了适宜的环境。包皮垢是由包皮皮脂腺分泌的物质和脱落的上皮细胞等组成，其局部的慢性刺激以及潮湿的环境有利于念珠菌的繁殖，进而引发炎症。包茎患者由于包皮口狭窄，包皮难以上翻清洗，更容易导致念珠菌感染，因为分泌物和污垢更易堆积在包皮腔内。
个人卫生习惯不佳：不注意外阴部清洁，长期不清洗包皮和龟头，会使局部卫生状况变差，增加念珠菌感染的风险。比如一些男性平时很少清洗外生殖器，导致局部污垢堆积，为念珠菌生长创造条件。
机体免疫功能状况
免疫力低下人群：如长期使用免疫抑制剂的患者，由于机体免疫功能被抑制，对念珠菌的抵御能力下降，容易发生念珠菌性包皮龟头炎。此外，艾滋病患者处于疾病晚期时，机体免疫力极度低下，也极易受到念珠菌等机会致病菌的感染。
婴幼儿及儿童：婴幼儿包皮与龟头之间粘连，自身清洁能力差，加之机体免疫系统尚未完全发育成熟，相对容易发生念珠菌感染引发包皮龟头炎。儿童如果有搔抓外阴等不良习惯，也可能增加感染念珠菌的几率。
老年人：老年人随着年龄增长，机体各项功能衰退，包括免疫功能，同时可能伴有一些基础疾病，如前列腺增生等，导致排尿不畅，尿液残留等情况，局部环境改变，也容易诱发念珠菌性包皮龟头炎。
其他因素
长期使用广谱抗生素：广谱抗生素在杀灭致病菌的同时，也会抑制有益菌群的生长，导致体内菌群失调，念珠菌等机会致病菌大量繁殖，从而引发感染，包括念珠菌性包皮龟头炎。例如一些患者因病情需要长期使用广谱抗生素治疗，之后出现了念珠菌性包皮龟头炎的症状。
糖尿病患者：糖尿病患者血糖水平较高，有利于念珠菌的生长繁殖，同时高血糖环境也会影响机体的免疫功能，使得患者更容易受到念珠菌的侵袭而发生包皮龟头炎。而且糖尿病患者如果血糖控制不佳，炎症容易反复，难以治愈。
