尿道下裂的发生与遗传因素、激素水平异常、环境因素及胚胎发育过程中的机械因素有关。遗传上有家族倾向，相关基因突变可能致病；激素水平异常中雄激素相关问题影响尿道发育；环境因素包括母体接触化学物质、营养状况、辐射、孕期不良生活方式等均会有影响；胚胎发育早期机械因素如子宫内位置、羊水等异常也可致尿道下裂。
激素水平异常
雄激素相关：在胚胎发育过程中，雄激素对尿道的形成至关重要。如果胎儿体内雄激素合成不足或雄激素受体异常，会影响尿道海绵体的发育，导致尿道沟融合不全，从而引发尿道下裂。例如，先天性肾上腺皮质增生症等疾病会导致雄激素合成途径出现问题，使得雄激素水平降低，影响胚胎尿道的正常发育。男性胎儿在妊娠早期需要足够的雄激素刺激来促使尿道从阴茎头向会阴方向逐渐融合形成完整的尿道，任何环节的激素异常都可能打破正常的发育进程，增加尿道下裂发生的可能性。
环境因素
母体因素：孕妇在妊娠期间的一些情况可能影响胎儿尿道发育。如孕妇在孕期接触某些化学物质，像邻苯二甲酸酯类等环境内分泌干扰物，这些物质可能通过干扰体内的激素平衡，影响胚胎的泌尿生殖系统发育，增加胎儿患尿道下裂的风险。另外，孕妇孕期的营养状况也与尿道下裂的发生有关，如果孕妇缺乏某些重要营养素，如锌等，可能会影响胚胎的正常发育过程，包括尿道的形成。锌是参与多种酶活性和细胞代谢的重要元素，缺乏时可能干扰与尿道发育相关的细胞信号通路和代谢过程。
其他环境因素：孕期母亲受到辐射等物理因素影响也可能对胎儿尿道发育产生不良作用。辐射可能导致胚胎细胞的DNA损伤，影响相关基因的表达和细胞的正常分化，进而干扰尿道的正常形成，增加尿道下裂发生的概率。此外，一些不良的生活方式，如孕期吸烟、饮酒等，也可能通过多种途径影响胎儿发育，包括影响激素水平和血管供应等，从而与尿道下裂的发生存在关联。吸烟产生的有害物质会进入母体血液循环，影响胎盘的功能，导致胎儿获取的营养和氧气供应异常，影响胚胎泌尿生殖系统的正常发育；饮酒则可能干扰体内的激素调节和代谢过程，对尿道发育产生不利影响。
胚胎发育过程中的机械因素
在胚胎发育早期，如果存在影响尿道形成的机械性因素，也可能导致尿道下裂。例如，胚胎时期尿道沟的融合过程受到外界机械压力的干扰，可能导致融合不全。这种机械因素可能与胚胎在子宫内的位置、羊水的量等有关。如果胎儿在子宫内的位置异常，长时间受到不当的挤压，可能影响尿道沟的正常融合；羊水过少时，胚胎周围的缓冲空间减小，也可能增加机械性因素对尿道发育的影响风险，使得尿道下裂的发生概率上升。
