非淋菌性尿道炎的发病与多种因素相关，包括病原体感染（沙眼衣原体、解脲脲原体、人型支原体等可引发感染）、性行为因素（性活跃人群、多个性伴侣增加风险）、局部免疫因素（尿道局部免疫低下、女性特殊生理结构易患病）以及其他因素（间接接触传播、基础疾病影响等）。
解脲脲原体：属于支原体的一种，也是非淋菌性尿道炎的重要致病因素。解脲脲原体可黏附于尿道上皮细胞表面，其代谢产物可能对细胞有毒性作用，引起尿道黏膜的炎症损伤。解脲脲原体的传播途径主要是性接触，在性活跃人群中感染率相对较高。
人型支原体：同样是支原体的一种，可引起非淋菌性尿道炎。人型支原体感染尿道后，会引发局部的炎症免疫反应，导致尿道出现不适症状，如尿道刺痒、灼热感等。
性行为因素
性活跃人群：青壮年性活跃人群是非淋菌性尿道炎的高发群体。因为这个阶段性生活相对较频繁，而不安全的性行为，如不使用安全套等，会增加病原体传播的风险。例如，在没有保护措施的性接触中，病原体更容易在性伴侣之间传播，从而引发感染。
多个性伴侣：拥有多个性伴侣的人感染非淋菌性尿道炎的概率明显高于单一性伴侣者。这是由于多个性伴侣增加了与不同病原体接触的机会，一旦其中一方携带病原体，就容易通过性接触在多个性伴侣之间传播，导致疾病的发生和传播。
局部免疫因素
尿道局部免疫功能低下：如果尿道局部的免疫防御机制出现问题，例如局部黏膜的屏障功能减弱等，就更容易受到病原体的侵袭。比如，长期熬夜、过度劳累等不良生活方式可能会影响机体的整体免疫功能，进而波及尿道局部的免疫状态，使尿道对病原体的抵御能力下降，增加非淋菌性尿道炎的发病风险。
女性特殊生理结构：女性尿道较短、宽且直，并且与阴道、肛门相邻，这使得女性尿道更容易受到周围病原体的污染。例如，阴道内的一些微生物可能容易迁移至尿道引发感染，再加上女性在经期等特殊时期局部抵抗力可能会有所降低，所以女性相对男性而言，在局部免疫因素影响下更易患非淋菌性尿道炎。
其他因素
间接接触传播：虽然相对较少见，但也存在通过间接接触传播病原体引发非淋菌性尿道炎的可能。例如，使用被污染的毛巾、浴盆、马桶座圈等物品，有可能接触到病原体从而感染尿道。不过这种传播方式的概率相对较低，通常是在卫生条件较差、与感染者共用个人物品的情况下才容易发生。
基础疾病影响：患有糖尿病等基础疾病的人群，机体的血糖水平较高，有利于病原体的生长繁殖，同时机体的免疫功能也可能受到影响。例如，糖尿病患者由于高血糖环境，会降低白细胞的吞噬功能等免疫活性，使得尿道更容易受到病原体的侵袭，增加了患非淋菌性尿道炎的可能性。
