中医治疗巧克力囊肿包括中药内服、针灸治疗、中医外治法等方法，中药内服辨证论治，针灸分体针和耳针，外治法有中药灌肠和外敷，治疗需个体化，且一般作为综合治疗一部分，病情重者可结合西医手术。
一、中药内服
中医会根据患者的具体症状、体征、舌象、脉象等进行辨证论治。例如，对于气滞血瘀型的巧克力囊肿患者，常用膈下逐瘀汤加减，以起到活血化瘀、行气止痛的作用；对于寒凝血瘀型，会选用少腹逐瘀汤，有温经散寒、活血化瘀之功；而对于痰湿瘀结型，则可能采用苍附导痰丸合桂枝茯苓丸加减，以化痰除湿、活血化瘀消癥。目前有相关研究表明，中药复方在调节患者体内激素水平、抑制异位内膜细胞增殖、减轻炎症反应等方面可能发挥作用，但具体的药效物质基础和作用机制仍需进一步深入研究来明确。
二、针灸治疗
1.体针：选取相关穴位进行针刺，常选的穴位有关元、中极、归来、三阴交、次髎等。通过针刺这些穴位，起到调节气血、疏通经络的作用。现代研究发现，针灸可以影响人体的神经-内分泌-免疫网络系统，可能对巧克力囊肿患者的盆腔局部血液循环、炎症状态等产生积极影响，有助于改善症状和控制病情发展，但针灸治疗需要专业医生进行操作，且一般需要较长疗程的治疗才能见到较为明显的效果。
2.耳针：选择子宫、卵巢、内分泌等耳穴进行针刺或埋豆等操作。耳针治疗是通过刺激耳部相应穴位来调节全身的脏腑功能和气血运行，对巧克力囊肿的治疗可能起到辅助作用，可在一定程度上缓解患者的疼痛等不适症状。
三、中医外治法
1.中药灌肠：将中药煎剂通过灌肠的方式导入肠道，药物经肠道吸收后作用于盆腔局部，起到活血化瘀、消癥散结的作用。中药灌肠对于改善盆腔局部的血液循环、减轻炎症粘连等有一定帮助，不过在操作时要注意温度适宜，避免过冷或过热刺激肠道，对于肠道功能不佳或有肠道疾病的患者需要谨慎使用。
2.中药外敷：可将一些具有活血化瘀、消肿止痛作用的中药制成膏剂或散剂，外敷于下腹部相应穴位或患处。例如，用金黄散等中药外敷，能够促进盆腔局部的气血流通，减轻囊肿局部的炎症反应和疼痛等症状，但外敷时要注意观察皮肤反应，避免出现过敏等情况。
对于不同年龄、性别、生活方式和病史的巧克力囊肿患者，在中医治疗时需要进行个体化的调整。年轻女性如果有生育需求，中医治疗时会更注重在活血化瘀的同时兼顾对卵巢功能的保护；对于有长期不良生活方式，如熬夜、过度节食等的患者，在中医治疗过程中还需要指导其调整生活方式，保持规律作息和合理饮食；对于有其他基础病史的患者，要考虑中药治疗与基础疾病治疗药物之间的相互作用等问题。同时，中医治疗巧克力囊肿一般作为综合治疗的一部分，对于病情较重、囊肿较大或有明显手术指征的患者，可能需要结合西医手术等治疗方法。
