自然流产的原因包括染色体异常、母体因素、父亲因素和环境因素。染色体异常有数目和结构异常，多数由父母生殖细胞减数分裂异常致，高龄孕妇易发生；母体因素有内分泌（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、生殖器官（子宫畸形、宫腔粘连）、免疫（自身免疫性疾病、同种免疫异常）、全身性疾病（感染及其他疾病）；父亲因素是精子染色体异常；环境因素包括化学物质接触和物理因素接触影响胚胎发育致流产。
母体因素
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕激素等激素对维持妊娠至关重要。若黄体功能不全，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致流产。例如，有研究表明，黄体功能不全的女性自然流产发生率明显高于黄体功能正常的女性。
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退或亢进都可能影响妊娠。甲状腺功能减退时，机体内分泌紊乱，会影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰妊娠过程，增加自然流产风险。
生殖器官异常
子宫畸形：如子宫纵隔、单角子宫等子宫畸形情况，会使子宫宫腔形态异常，影响胚胎着床和发育空间，从而增加自然流产几率。
宫腔粘连：宫腔粘连会导致宫腔有效容积减小，影响胚胎种植和发育，引发自然流产。
免疫功能异常
自身免疫性疾病：像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，机体免疫系统攻击自身组织，也会影响妊娠，导致自然流产。患者体内存在的自身抗体等免疫因素会干扰胎盘的正常功能，阻碍胚胎的正常发育。
同种免疫异常：母体对胚胎免疫耐受异常时，母体免疫系统会将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致流产。例如，母胎之间免疫平衡失调，封闭抗体缺乏等情况都可能属于同种免疫异常范畴。
全身性疾病
感染：孕妇在妊娠期间感染某些病原体，如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，这些病原体可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎发育，导致自然流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿畸形和流产的发生率会显著升高。
其他全身性疾病：严重的糖尿病未良好控制时，高血糖环境会影响胚胎发育；高血压疾病等也可能因为影响胎盘血供等因素导致自然流产。
父亲因素
男性精子染色体异常也可能导致自然流产。男性精子受到环境因素（如长期接触放射性物质、化学毒物等）、生活习惯（如长期吸烟、酗酒等）等影响，染色体发生异常的概率增加，当异常精子与卵子结合形成胚胎后，就容易出现自然流产情况。
环境因素
化学物质接触：孕妇长期接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎发育，增加自然流产风险。例如，在一些化工工作环境中，长期接触相关化学物质的孕妇自然流产发生率高于正常人群。
物理因素：长期接触高强度的辐射，如放射性物质、X线等，会对胚胎造成损伤，引发自然流产。例如，在放射科工作且防护不当的孕妇，其接触辐射的风险较高，自然流产可能性增加。
