眼睛飞蚊症的引起原因主要有玻璃体液化和后脱离（包括年龄因素使40岁以上人群易出现，近视加速其发生且高度近视患病率更高）、眼部疾病（葡萄膜炎致炎性细胞等进入玻璃体混浊、视网膜裂孔和脱离早期有飞蚊症等症状、眼内出血使血液入玻璃体腔）、其他因素（外伤致玻璃体出血等、长期用眼不当及有害环境损害眼睛）。
玻璃体液化和后脱离
年龄因素：随着年龄增长，玻璃体会发生液化，原本呈凝胶状的玻璃体逐渐变得稀薄，出现液化腔。同时，玻璃体与视网膜的连接也会逐渐分离，即后脱离。一般来说，40岁以上人群发生玻璃体液化和后脱离的概率会增加。在玻璃体液化和后脱离过程中，液化的玻璃体可能会牵拉视网膜，或者玻璃体中的混浊物投影到视网膜上，就会导致飞蚊症的出现。
近视因素：高度近视患者眼轴变长，会加速玻璃体的老化过程，使玻璃体液化和后脱离的发生时间提前且发生率更高。高度近视患者中飞蚊症的患病率明显高于正视眼人群。例如，一些超过600度的高度近视患者，在较年轻时就可能出现明显的飞蚊症症状。
眼部疾病
葡萄膜炎：葡萄膜发生炎症时，炎性细胞和渗出物会进入玻璃体，导致玻璃体混浊，从而引起飞蚊症。葡萄膜炎的病因较为复杂，可能与感染、自身免疫等因素有关。比如，细菌、病毒等病原体感染可引发感染性葡萄膜炎，而自身免疫性疾病如类风湿关节炎等也可能累及葡萄膜导致炎症。患者除了飞蚊症外，还可能伴有眼红、眼痛、视力下降等症状。
视网膜裂孔和视网膜脱离：视网膜裂孔的形成可能与玻璃体牵拉视网膜有关，当玻璃体后脱离时，对视网膜的牵拉可能导致视网膜出现裂孔。如果视网膜裂孔没有及时处理，液化的玻璃体可能通过裂孔进入视网膜下，引起视网膜脱离。视网膜裂孔和脱离早期可能表现为眼前突然出现大量飞蚊症、闪光感等症状，随着病情进展，视力会明显下降。例如，一些眼部受到外伤的患者，或者有高度近视等基础疾病的患者，更容易发生视网膜裂孔和脱离。
眼内出血：眼内的血管破裂出血，如糖尿病视网膜病变引起的视网膜出血、视网膜静脉阻塞导致的出血等，血液进入玻璃体腔会引起飞蚊症。糖尿病患者如果血糖控制不佳，长期高血糖会损伤视网膜血管，容易发生视网膜病变及出血。视网膜静脉阻塞多发生在中老年人群，患者可能有高血压、高血脂等基础疾病，血管阻塞后容易引起出血进入玻璃体。
其他因素
外伤：眼部受到撞击等外伤时，可能会导致玻璃体出血、视网膜损伤等，从而引起飞蚊症。例如，运动时眼部被球击中，或者头部受到撞击等情况，都可能对外眼造成伤害，进而影响到玻璃体和视网膜，引发飞蚊症。
长期用眼不当：长期过度用眼，如长时间使用电子设备、熬夜等，可能会加重眼睛的疲劳，导致玻璃体代谢紊乱，增加飞蚊症的发生风险。尤其是一些青少年长时间玩游戏、看手机，更容易出现这种情况。此外，长期处于有害环境中，如接触过多的紫外线等，也可能对眼睛造成损害，引发飞蚊症。
