艾灸后出现水疱的病因包括温度因素（艾灸温度过高，如成人、儿童、糖尿病患者皮肤对温度耐受或感知不同易致水疱）、个体体质差异（阳虚体质者及敏感体质者更易起疱）、局部皮肤状态（皮肤潮湿或有破损时艾灸易起疱，如婴幼儿、湿疹患者）、艾灸操作不当（手法不规范致局部受热不均，及艾灸器具使用不当致皮肤受热不均而起疱）。
艾灸温度过高：艾灸时艾条或艾柱燃烧产生的热量较高，如果操作时距离皮肤过近，或者艾灸时间过长，局部皮肤受到的热刺激超过了其耐受限度，就容易导致皮肤组织受损，进而出现水疱。例如，成人皮肤相对耐受度可能稍高，但如果艾灸距离过近，长时间作用后也可能起疱；而儿童皮肤更为娇嫩，更易因温度过高出现水疱，因为儿童皮肤厚度较薄，对热的感知和耐受能力更弱。对于有糖尿病病史的患者，其皮肤神经可能存在病变，对温度的感知不敏感，即使艾灸温度并非极高，也可能因不能及时感知过高温度而导致水疱形成，这是因为糖尿病性神经病变会影响皮肤神经对温度刺激的正常传导和感知功能。
个体体质差异
阳虚体质：阳虚体质的人相对更易在艾灸后出现水疱。阳虚者机体阳气不足，温煦功能减弱，皮肤的气血运行相对迟缓，在接受艾灸温热刺激时，机体对热的反应可能更为强烈，容易导致局部气血壅滞，从而形成水疱。比如一些长期患有慢性虚寒性疾病的阳虚体质患者，艾灸后出现水疱的几率可能相对较高。
敏感体质：本身属于敏感体质的人群，如对艾灸材料过敏或对热刺激敏感的人，艾灸后更容易出现水疱。敏感体质者的免疫系统对艾灸相关的刺激反应过度，皮肤在受到艾灸温热刺激后，免疫反应被激活，导致局部血管通透性增加，液体渗出形成水疱。
局部皮肤状态
皮肤潮湿：如果艾灸部位皮肤本身处于潮湿状态，比如局部出汗较多或有汗液残留，此时进行艾灸，热刺激会使皮肤更加湿热，影响皮肤对热的耐受，容易引发水疱。例如在炎热潮湿的环境中进行艾灸，或者艾灸前局部皮肤未擦干，都可能导致皮肤潮湿，增加起疱风险。对于婴幼儿来说，皮肤汗腺发育不完善，更容易出汗，若艾灸时局部皮肤潮湿，就更易出现水疱，因为婴幼儿皮肤屏障功能相对较弱，潮湿环境下热刺激更易损伤皮肤。
皮肤有破损：艾灸部位皮肤如果本身存在微小破损，如搔抓后留下的小破损、皮肤炎症导致的轻微破损等，在艾灸温热刺激下，破损处更容易受到损伤加重，进而出现水疱。有湿疹病史的患者，其皮肤本身处于敏感且可能有微小破损的状态，艾灸后就较易起疱，因为湿疹会破坏皮肤的完整性，艾灸的热刺激会进一步刺激破损处及周围皮肤，导致组织液渗出形成水疱。
艾灸操作不当
手法不规范：艾灸时如果手法不均匀，局部受热不均，就会导致部分皮肤受热过度而出现水疱。比如艾灸时艾条移动不顺畅，某一部位停留时间过长，而相邻部位受热不足，就会造成局部温度差异过大，过热部位的皮肤就容易起疱。对于老年人，其皮肤感觉可能相对迟钝，艾灸时更需注意手法均匀，若手法不规范，即使温度不是极高，也可能因局部受热不均而起疱，因为老年人皮肤神经末梢功能可能减退，对温度差异的感知不如常人敏锐。
艾灸器具使用不当：使用的艾灸器具不合适，如艾灸盒过大或过小，不能很好地贴合皮肤，导致艾灸热量不能均匀作用于皮肤，也容易引起水疱。例如艾灸盒过大时，可能会有部分皮肤未被良好覆盖，而未覆盖部位未受热，覆盖部位受热过度；艾灸盒过小时，局部热量过于集中，都会造成皮肤受热不均而起疱。
