淋菌性尿道炎由淋病奈瑟菌引起，非淋菌性尿道炎主要病原体是沙眼衣原体和解脲支原体等；临床表现上，淋菌性尿道炎症状出现急、分泌物脓性、尿痛明显，非淋菌性尿道炎症状出现缓、分泌物稀薄、尿痛较轻；实验室检查中，淋菌性尿道炎涂片可见多核白细胞内革兰阴性双球菌等，非淋菌性尿道炎涂片见多核白细胞多但无革兰阴性双球菌等；流行病学上，两者都性接触传播，淋菌性尿道炎在淋病流行区常见，非淋菌性尿道炎更常见且青中年多发，需综合多方面特点分辨不同人群的两种尿道炎。
非淋菌性尿道炎：主要病原体是沙眼衣原体（尤其是D-K血清型）和解脲支原体，其他病原体还包括生殖支原体、人型支原体等。
临床表现方面
症状出现时间：
淋菌性尿道炎：一般感染后2-10天出现症状，发病相对较急。
非淋菌性尿道炎：症状出现相对较缓慢，潜伏期一般为1-3周。
尿道分泌物：
淋菌性尿道炎：典型表现为尿道脓性分泌物，量较多，开始为浆液性，逐渐变为黄色脓性，可自行流出，污染内裤，有时表现为晨起尿道口有脓痂封口现象。
非淋菌性尿道炎：尿道分泌物多为少量稀薄的白色粘性分泌物，晨起时可出现尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜封口，或内裤污秽。
尿痛程度：
淋菌性尿道炎：尿痛症状较为明显，排尿时尿道有烧灼样痛，疼痛较剧烈。
非淋菌性尿道炎：尿痛症状相对较轻，为轻度刺痛或烧灼感。
实验室检查方面
涂片镜检：
淋菌性尿道炎：取尿道分泌物涂片，革兰染色后镜检，可见多形核白细胞内有革兰阴性双球菌，具有较高的特异性和敏感性（在男性尿道分泌物中阳性率可达90%以上）。
非淋菌性尿道炎：涂片镜检可见每油镜视野下多形核白细胞数大于5个，而不见革兰阴性双球菌。
病原体培养：
淋菌性尿道炎：将尿道分泌物接种于含有巧克力琼脂等特殊培养基上，在适宜的温度（35-37℃）和湿度（5%-10%二氧化碳环境）下培养，可分离出淋病奈瑟菌，培养阳性可确诊。
非淋菌性尿道炎：沙眼衣原体培养需要特殊的细胞培养系统（如McCoy细胞、HeLa-229细胞等），解脲支原体培养可在含有尿素、酚红等成分的培养基中进行，根据支原体分解尿素产氨使培养基pH升高，酚红颜色变化来判断是否生长。
核酸检测：
淋菌性尿道炎：采用核酸扩增技术（如PCR等）检测尿道标本中的淋病奈瑟菌核酸，敏感性和特异性都很高，可用于早期诊断和无症状感染者的检测。
非淋菌性尿道炎：可检测沙眼衣原体、解脲支原体等的核酸，同样具有较高的敏感性和特异性，能快速、准确地检测出病原体。
流行病学方面
淋菌性尿道炎：主要通过性接触传播，在性活跃人群中高发，尤其是有不洁性生活史的人群，可在集体生活中通过共用毛巾、浴盆等间接传播，但相对较少见，在淋病流行地区较为常见。
非淋菌性尿道炎：也是以性接触传播为主，是当今性传播疾病中最常见的一种，在性混乱人群中发病率较高，其发病率有超过淋菌性尿道炎的趋势，且可发生于任何年龄人群，但以性活跃的青、中年人群多见。
不同年龄、性别、生活方式和病史的人群在分辨淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎时，都需要依据上述多方面的特点综合判断。例如，儿童若有相关症状，由于儿童性传播疾病相对少见，但也不能完全排除，需要详细询问病史，结合实验室检查等进行准确判断；女性由于解剖结构的特点，在症状表现上可能与男性有一定差异，但诊断原则是相同的；有不洁性生活史的人群需要重点考虑性传播疾病的可能，通过全面的检查来区分两种尿道炎。
