男性小便时尿道刺痛原因多样，包括尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、肾盂肾炎、尿道结石等。
1.尿道炎
是导致男性小便时尿道刺痛常见原因之一。淋菌性尿道炎由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播，发病初期尿道口红肿、发痒，有轻微刺痛，随后出现稀薄黏液流出，严重时会有大量脓性分泌物。非淋菌性尿道炎多由沙眼衣原体、生殖支原体、解脲脲原体和人型支原体等感染所致，症状相对淋病较轻，但也会出现尿道刺痒、灼痛，可伴轻重不同的尿频、尿急、尿痛等症状。
2.膀胱炎
细菌感染膀胱黏膜引发炎症，常见致病菌为大肠埃希菌。急性膀胱炎时，患者会有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激征，排尿时尿道有烧灼感或刺痛感。慢性膀胱炎症状相对较轻，但也会反复出现尿道不适及刺痛。长期憋尿、不注意个人卫生、机体免疫力低下等因素易诱发膀胱炎。
3.前列腺炎
尤其是急性细菌性前列腺炎，除了会有会阴部坠胀、疼痛，还会出现尿频、尿急、尿痛，排尿时尿道有刺痛或烧灼感。病原体主要为大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌等，多由尿道逆行感染所致。长期久坐、酗酒、长期憋尿、性生活不规律等不良生活方式会增加前列腺炎发病风险。
4.肾盂肾炎
致病菌由尿道上行入膀胱，继而沿输尿管向上蔓延至肾脏，引起肾盂肾炎。患者除了有尿道刺痛，还会伴有发热、寒战、腰痛等症状。常见致病菌同样以大肠埃希菌为主，女性发病率高于男性，但男性如有尿路梗阻等易感因素时也易发病。
5.尿道结石
结石在尿道内移动或嵌顿，会导致尿道黏膜损伤，引起小便时尿道刺痛，常伴有排尿困难、血尿等症状。尿道狭窄、尿道异物等因素可能促使尿道结石形成。
若出现不明原因的乏力、精神萎靡等，应警惕泌尿系统感染可能，及时就医检查，遵医嘱规范治疗。
