灼口综合征的发病与局部和全身因素相关。局部因素包括口腔局部病变如残根等刺激及念珠菌等感染；全身因素涉及内分泌因素（更年期女性雌激素下降及其他内分泌疾病）、系统疾病（神经系统疾病、维生素及矿物质缺乏、自身免疫性疾病）、精神心理因素（焦虑抑郁等情绪障碍、神经官能症），这些因素通过不同机制引发口腔烧灼样疼痛等症状。
感染因素：念珠菌感染与灼口综合征关系密切。念珠菌在口腔内定植后，会引起局部炎症反应，释放炎症介质，影响神经末梢的敏感性，导致患者出现口腔烧灼样疼痛等不适症状。另外，一些病毒感染，虽然证据相对不如念珠菌感染那么直接，但也有研究提示可能在部分患者的发病中起到一定作用。
全身因素
内分泌因素
更年期女性：更年期女性体内雌激素水平大幅下降，会引起口腔黏膜血液循环改变、神经调节功能紊乱等。雌激素对口腔黏膜的正常代谢和神经传导有一定的调节作用，雌激素水平的降低打破了这种平衡，使得更年期女性灼口综合征的发病率明显高于其他人群。例如，很多更年期女性会出现口腔干燥、烧灼样疼痛等症状，与雌激素水平变化密切相关。
其他内分泌疾病：如糖尿病患者，血糖控制不佳时，高血糖环境可能影响神经纤维的功能，导致神经病变，进而引发口腔内的异常感觉。甲状腺功能减退等内分泌疾病也可能通过影响机体的代谢、神经功能等，参与灼口综合征的发生发展。
系统疾病
神经系统疾病：如三叉神经病变、舌咽神经痛等，会干扰口腔内神经信号的正常传导，导致患者感觉口腔有烧灼样疼痛等异常感觉。例如，三叉神经受损时，其支配区域的口腔黏膜感觉异常，可能表现为灼口综合征的相关症状。
维生素及矿物质缺乏：缺乏维生素B12、铁、锌等营养素时，会影响口腔黏膜的正常代谢和神经功能。比如，维生素B12参与神经髓鞘的合成，缺乏时可导致神经病变，引起口腔内的不适；铁元素缺乏会影响血红蛋白的合成，导致机体缺氧，口腔黏膜缺氧后可能出现功能紊乱，增加灼口综合征的发病风险。
自身免疫性疾病：如干燥综合征，患者除了有唾液分泌减少导致的口干症状外，还常伴有口腔黏膜的烧灼样疼痛等表现。自身免疫性疾病导致的免疫系统异常攻击自身组织，包括口腔黏膜相关组织，引发炎症反应，从而出现灼口综合征的症状。
精神心理因素
焦虑、抑郁等情绪障碍：长期处于焦虑、抑郁状态的人群，其神经内分泌调节紊乱，会影响痛觉的感知和调节。有研究表明，心理压力大、情绪不稳定的患者，灼口综合征的发病概率和症状严重程度往往更高。例如，一些经历重大生活事件后出现情绪波动的患者，更容易出现口腔烧灼样疼痛等不适，且症状可能会随着情绪的变化而加重或减轻。
神经官能症：这类患者往往存在神经功能的失调，对口腔内的正常感觉过度敏感，将一些轻微的口腔感觉放大，从而表现出灼口综合征的症状。比如，患者可能会过分关注口腔内的感觉，一旦有轻微的异样就认为是患有严重的疾病，进而加重心理负担，形成恶性循环，使症状持续不缓解。
