男性非淋菌性尿道炎由沙眼衣原体、解脲支原体等病原体引起，临床表现多样，有尿道刺痒、分泌物稀薄量少、尿痛或灼热感等尿道症状，还可能有合并附睾炎（附睾疼痛肿胀等）、前列腺炎（会阴部坠胀、尿频尿急等）及无症状感染等其他伴随症状，且不同个体因多种因素临床表现有差异，年龄、生活方式、既往病史等也会对其有影响。
尿道症状：
尿道刺痒：多为轻度或中度的尿道不适感，患者可感觉尿道内有轻微的瘙痒感，程度因人而异，部分患者症状较明显，影响日常活动和心理状态。这种刺痒感可能持续存在，在排尿前后或长时间未排尿时可能会更明显。
尿道分泌物：分泌物通常较稀薄，呈浆液性或黏液性，量一般较少。晨起时可能会发现尿道口有少量痂膜形成，封住尿道口或污染内裤。与淋菌性尿道炎相比，非淋菌性尿道炎的分泌物通常没有淋菌性尿道炎的脓性分泌物那么黏稠且量多。例如，淋菌性尿道炎患者的分泌物往往是黄色脓性，量较多，而非淋菌性尿道炎分泌物相对清淡。
尿痛或尿道灼热感：部分患者会出现尿痛症状，表现为排尿时尿道部位的疼痛，疼痛程度可轻可重；也有患者表现为尿道灼热感，感觉尿道在排尿时有发热般的不适。一般来说，尿痛或灼热感在排尿过程中较为明显，可能会影响患者的排尿习惯，导致患者排尿时有所顾忌。
其他伴随症状：
合并附睾炎：部分男性患者可能会出现附睾炎，表现为附睾部位的疼痛、肿胀，附睾可触及肿大、压痛，严重时阴囊也可能会出现红肿等表现。附睾炎的发生与病原体感染后蔓延至附睾有关，炎症刺激会引起附睾组织的充血、水肿等病理改变。如果不及时治疗，可能会影响生育功能等，因为附睾是精子成熟和储存的重要场所，炎症可能会影响精子的质量和运输。
前列腺炎：少数患者可合并前列腺炎，出现会阴部坠胀不适、尿频、尿急等症状。前列腺受到病原体侵袭后，腺体组织发生炎症反应，导致前列腺充血、水肿，压迫周围组织，从而引起一系列排尿及局部不适症状。例如，会阴部坠胀感可能会让患者感觉下腹部有沉重、不舒服的感觉，尿频则表现为排尿次数增多，尿急是指患者有强烈的排尿欲望，难以控制。
无症状感染：还有部分男性感染者可能没有明显的临床症状，成为无症状携带者，仍然可以传播病原体给性伴侣，这也是非淋菌性尿道炎在性传播中容易被忽视的一个重要原因。无症状感染的发生可能与个体的免疫状态等因素有关，当人体免疫力较强时，病原体的繁殖和对组织的损伤可能处于相对较轻的水平，不足以引起明显的临床症状，但病原体仍然在体内存在并具有传染性。
不同个体由于病原体种类、感染程度、自身免疫状况等因素的差异，临床表现会有所不同。年龄方面，青少年和成年男性都可能患病，但由于生理结构和免疫功能的差异，可能在症状的表现和严重程度上有一定区别；生活方式方面，有不洁性行为等高危性行为的男性患病风险较高，且在感染后症状可能相对更易出现；对于有既往尿道损伤、免疫功能低下等病史的男性，感染非淋菌性尿道炎后临床表现可能会更复杂，症状可能更重或恢复较慢等。
