肺脓肿的病因包括病原体感染（细菌、真菌、寄生虫感染）、气道阻塞（异物、肿瘤阻塞）、机体免疫力低下（基础疾病影响、免疫抑制治疗）及其他因素（邻近器官感染蔓延、吸入因素）。细菌感染是最主要病因，真菌、寄生虫感染比例相对较低；气道异物、肿瘤可致引流不畅继发感染；基础疾病或免疫抑制治疗使机体易感染；邻近器官感染蔓延或误吸也可引发肺脓肿。
真菌感染：在长期大量使用广谱抗生素、糖皮质激素，或患有免疫缺陷性疾病（如艾滋病等）的人群中可能发生。真菌会在肺部定植并引起感染，导致肺组织炎症坏死形成脓肿，这类情况相对细菌感染来说比例较低，但随着抗生素和免疫抑制剂的广泛应用，其发生率有上升趋势。
寄生虫感染：如肺吸虫、阿米巴原虫等感染也可引起肺脓肿。肺吸虫感染多与食用生的或未煮熟的含有肺吸虫囊蚴的溪蟹、蝲蛄有关，寄生虫在肺部移行、定居会破坏肺组织引发脓肿；阿米巴原虫感染多是由肠阿米巴病蔓延至肺部所致，常见于有肠道阿米巴病史的人群。
气道阻塞
异物阻塞：如果气道内进入异物，如小的食物颗粒、玩具零件等，会导致气道部分或完全阻塞，使远端肺部组织引流不畅，容易继发感染引发肺脓肿。儿童由于好奇心强，且吞咽功能不完善，更容易发生气道异物阻塞，例如儿童在进食过程中哭闹、嬉笑时误将食物呛入气道，就可能引发肺脓肿。
肿瘤阻塞：支气管肺癌、支气管腺瘤等肺部肿瘤可阻塞支气管，导致远端肺组织分泌物引流受阻，从而继发感染形成肺脓肿。这种情况在中老年人群中相对多见，尤其是有长期吸烟史的人群，肺癌的发生率较高，进而容易引发肺脓肿。
机体免疫力低下
基础疾病影响：患有如艾滋病、糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、恶性肿瘤等基础疾病的人群，机体免疫力往往较低。以糖尿病患者为例，高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且患者白细胞的吞噬功能可能受到影响，使得肺部感染后难以有效清除病原体，容易发展为肺脓肿。慢性阻塞性肺疾病患者气道存在慢性炎症，气道分泌物增多，纤毛运动功能减退，痰液引流不畅，容易继发肺部感染并进展为肺脓肿。
免疫抑制治疗：接受器官移植后使用免疫抑制剂的患者，以及长期使用糖皮质激素治疗的患者，由于免疫抑制剂抑制了机体的免疫功能，使得身体抵御病原体的能力下降，容易发生各种病原体的感染，包括导致肺脓肿的病原体感染。例如，器官移植患者为了防止移植器官排斥反应，需要长期服用免疫抑制剂，在此期间肺部感染肺脓肿的风险明显增加。
其他因素
邻近器官感染蔓延：如膈下脓肿、肝脓肿、纵隔脓肿等邻近器官的感染可直接蔓延至肺部引起肺脓肿。例如，膈下脓肿可通过淋巴管蔓延至肺部，常见于有腹腔感染病史且未得到及时有效治疗的人群，感染蔓延至肺部后导致肺组织炎症坏死形成脓肿。
吸入因素：有意识障碍（如醉酒、癫痫发作、脑血管意外等）、吞咽困难的人群，容易发生误吸，将口咽部的病原体吸入肺部，从而引发肺脓肿。老年人由于吞咽功能减退，更容易出现误吸情况，且老年人常伴有其他基础疾病，一旦发生误吸就较易发展为肺脓肿。
