骨性牙性错颌畸形可从定义与病因、临床检查、咬合关系区分，不同年龄人群区分重点有别，有家族史人群应早期检查，骨性错颌多需手术正畸综合治疗，牙性多靠正畸治疗。
骨性错颌畸形：主要由颌骨发育异常引起，涉及上下颌骨的大小、形态或位置关系异常。其发生与遗传因素密切相关，若父母存在明显的颌骨发育畸形，子女遗传的概率相对较高；此外，一些后天的不良习惯，如儿童时期长期的口呼吸，也可能影响颌骨的正常发育，导致骨性错颌畸形。例如，腺样体肥大的儿童常因长期口呼吸，使得上颌骨发育受限，下颌骨后缩，逐渐形成骨性的二类错颌畸形。
牙性错颌畸形：主要是牙齿本身的排列不齐或牙弓形态异常所致，颌骨发育基本正常。多与牙齿的萌出顺序、萌出位置异常有关，比如个别牙齿的错位萌出；也可能与不良口腔习惯有关，如长期的偏侧咀嚼，会导致两侧牙齿受力不均，进而出现牙性的咬合关系异常，但颌骨的形态和位置基本在正常范围内。
临床检查区分
面部形态观察：
骨性错颌畸形：可通过面部侧貌来初步判断。例如，安氏二类骨性错颌畸形患者，常表现为下颌后缩，侧面观面部呈凹面型；安氏三类骨性错颌畸形患者则多有下颌前突，侧面观面部呈凸面型。而牙性错颌畸形患者的面部侧貌通常基本正常，主要是牙齿排列的问题，面部的骨骼形态无明显异常。
X线检查：拍摄头颅侧位片是重要的区分方法。通过测量头颅侧位片中的各项骨骼角度和线距来判断。比如，骨性二类错颌畸形患者，常可见SNA角（上颌骨与颅底的前后位置关系角）增大，SNB角（下颌骨与颅底的前后位置关系角）减小，ANB角（上颌与下颌的前后位置关系角）增大；骨性三类错颌畸形患者则相反，SNA角减小，SNB角增大，ANB角减小。而牙性错颌畸形患者的头颅侧位片上，各项骨骼角度和线距基本在正常范围内，主要是牙齿的倾斜度、牙弓形态等存在异常。
咬合关系区分
骨性错颌畸形：咬合关系的异常较为严重且与颌骨发育相关。例如，骨性深覆合的患者，不仅是牙齿的覆合深度过大，还往往伴有上颌骨垂直向发育过度或下颌骨垂直向发育不足等颌骨问题，咬合时上下前牙的覆盖关系不仅是牙齿层面的，还涉及颌骨的位置关系。
牙性错颌畸形：咬合关系的异常主要集中在牙齿层面。比如牙性的牙列拥挤，是牙齿在牙弓内排列不整齐，相互拥挤，但颌骨的长度、宽度等基本正常，咬合关系在整体颌骨正常的基础上，主要是牙齿之间的邻接关系、排列顺序异常导致的咬合不协调。
对于不同年龄的人群，区分骨性和牙性错颌畸形的重点有所不同。儿童时期，由于颌骨仍在发育，骨性错颌畸形可能随着生长发育有一定的变化趋势，需要密切观察；青少年时期，可通过上述的临床检查方法较为准确地区分；成年人的错颌畸形，骨性的往往需要通过手术结合正畸的综合治疗，而牙性的主要通过正畸治疗即可。女性在青春期时，激素水平的变化可能影响颌骨的发育，需要特别注意观察是否有骨性错颌畸形的倾向；男性也可能因遗传或后天因素出现错颌畸形，同样需要依据临床检查进行区分。有家族史的人群，更应早期进行口腔检查，以便早期发现错颌畸形的类型，采取相应的预防或治疗措施。
