牙列不齐的成因包括先天因素和后天因素，先天因素有遗传因素（约30%-50%的牙列不齐与遗传有关）和胚胎发育异常（孕期外界干扰或自身发育问题可致牙颌发育异常引发牙列不齐）；后天因素包括口腔不良习惯（吮指、舌习惯、偏侧咀嚼等影响牙齿颌骨发育致牙列不齐）、乳牙期及替牙期局部障碍（乳牙早失、滞留、恒牙萌出异常致牙列不齐）、疾病因素（内分泌疾病如垂体功能亢进、甲状腺功能减退症，呼吸系统疾病如慢性鼻阻塞致口呼吸引发牙列不齐）、换牙期顺序异常（换牙顺序紊乱破坏牙列正常发育致牙列不齐）。
胚胎发育异常：在胎儿胚胎发育时期，如果受到外界因素干扰或自身发育过程出现问题，可能会影响牙齿和颌骨的正常发育，从而引起牙列不齐。比如，母亲在孕期感染某些病毒、接触放射性物质或受到外伤等，都可能干扰胎儿牙胚的正常发育，导致牙齿萌出顺序异常、牙体大小形态异常等，进而引发牙列不齐。
后天因素
口腔不良习惯
吮指习惯：儿童长期吮指，尤其是在乳牙萌出到替牙期阶段，会对牙齿和颌骨的发育产生不良影响。吮指时，手指的压力会导致上前牙前突、下前牙后缩，形成开颌等牙列不齐的表现。一般来说，3岁以前的吮指习惯多为生理性，通常不会造成严重的牙列不齐，但如果4岁以后仍存在吮指习惯且较为频繁，就容易引发牙列不齐。
舌习惯：异常的舌习惯，如吐舌、舔牙等，会影响牙齿的正常排列。吐舌时，舌头持续处于前伸位置，会阻碍上前牙的正常萌出，导致上前牙前突；舔牙时，舌头的力量会使牙齿位置发生改变，可能引起牙齿移位、牙列缝隙等问题。
偏侧咀嚼习惯：长期偏侧咀嚼会使咀嚼侧的牙齿得到过多的咀嚼刺激，发育较好，而非咀嚼侧的牙齿咀嚼刺激不足，发育相对较差，同时还会导致下颌向咀嚼侧偏斜，进而引起牙列左右不对称，出现牙列不齐的情况。
乳牙期及替牙期的局部障碍
乳牙早失：乳牙因龋齿等原因过早缺失，会导致相邻牙齿向缺牙间隙倾斜移位，占据缺牙间隙，使得后继恒牙萌出时空间不足，从而引发牙列不齐。例如，上颌乳切牙过早缺失，邻牙可能会向缺隙侧倾斜，导致恒切牙萌出时没有足够的空间，出现排列拥挤或错位。
乳牙滞留：乳牙应该脱落时未能按时脱落，占据了恒牙萌出的位置，会使恒牙萌出位置异常，出现牙列不齐。常见的是上颌乳中切牙滞留，导致恒中切牙从舌侧或唇侧萌出，形成双排牙的情况。
恒牙萌出异常：恒牙萌出顺序紊乱、萌出方向异常等都可能引起牙列不齐。例如，恒牙萌出时受到邻牙阻力或牙槽骨发育不良等因素影响，可能会出现异位萌出，导致相邻牙齿排列紊乱。
疾病因素
内分泌疾病：如垂体功能亢进，在儿童时期发病会导致身体过度生长，牙齿和颌骨也会相应增大，但如果牙齿发育跟不上颌骨的生长速度，就容易引起牙列拥挤等牙列不齐；而甲状腺功能减退症会影响机体的代谢和生长发育，可能导致牙齿萌出迟缓、牙列稀疏等牙列不齐表现。
呼吸系统疾病：长期的慢性鼻阻塞，如腺样体肥大、慢性鼻窦炎等，会使儿童习惯性地用口呼吸。口呼吸时，空气从口腔进入，气流会冲击上前牙，导致上前牙前突、牙弓狭窄、腭盖高拱等，进而引发牙列不齐。
换牙期的顺序异常：正常的换牙顺序对于牙齿的整齐排列非常重要，如果换牙顺序出现紊乱，比如恒牙过早或过晚萌出，都可能破坏牙列的正常发育，导致牙列不齐。例如，第一恒磨牙过早萌出，可能会占据后续牙齿的空间，影响其他牙齿的正常萌出和排列。
