尿道狭窄的病因包括先天性因素（如先天性尿道外口狭窄、先天性尿道瓣膜、先天性尿道憩室）、外伤性因素（如会阴尿道器械检查操作不当、会阴部骑跨伤、骨盆骨折）、炎症性因素（如尿道特异性感染、尿道非特异性感染），不同病因在不同性别中的发生情况各有特点。
先天性尿道外口狭窄：多由于胚胎发育时期尿道沟融合不全等原因导致，男性胎儿在发育过程中，尿道外口的形成出现异常，可造成尿道外口狭窄，影响尿液排出，这种情况在新生儿及婴幼儿中可能存在，男性相对女性更易出现先天性尿道外口狭窄相关问题，可能与男性尿道发育的解剖特点有关。
先天性尿道瓣膜：是尿道黏膜皱襞发育异常形成的瓣膜样组织，可引起尿道不同程度的梗阻，影响尿液正常通过尿道，在胎儿期尿道发育阶段出现异常导致瓣膜形成，男性较女性更常见先天性尿道瓣膜，因为男性尿道结构特点使其更容易出现此类先天性异常。
先天性尿道憩室：胚胎发育时尿道壁局部薄弱，黏膜下组织发育异常，形成囊状憩室，尿液可进入憩室并潴留，长期可导致尿道梗阻及感染等问题，其发生与胚胎时期尿道组织发育不均衡有关，男性和女性都可能发生，但男性尿道结构特点可能使其在某些类型的先天性尿道憩室中更易出现相关症状。
外伤性因素
会阴、尿道的器械检查和操作：如尿道扩张、膀胱镜检查等，操作不当可能导致尿道黏膜损伤、出血，若后续修复不佳，可形成瘢痕导致尿道狭窄。长期从事需要频繁进行尿道器械操作工作的人群，如泌尿外科医生等，在操作不规范时更易出现这种医源性的尿道狭窄风险，不同性别在接受尿道器械检查时发生医源性尿道狭窄的概率无明显性别差异，但操作医生的技术水平和规范程度是关键影响因素。
会阴部骑跨伤：多发生于男性，当会阴部骑跨在硬物上时，尿道球部被挤压于硬物与耻骨联合之间，导致尿道球部损伤，初期可能未得到妥善处理或损伤较重，后期瘢痕形成可引起尿道狭窄。男性由于其独特的尿道解剖结构，会阴部骑跨伤更容易伤及尿道球部，从而增加尿道狭窄的发生风险，而女性尿道短而直，相对较少发生会阴部骑跨伤导致的尿道狭窄。
骨盆骨折：多由交通事故、高处坠落等严重外伤引起，骨折断端可能损伤后尿道，尤其是膜部尿道，骨折导致的局部组织损伤、出血及后续瘢痕修复过程中易形成尿道狭窄。无论是男性还是女性，骨盆骨折都可能损伤后尿道，但男性后尿道解剖位置相对固定且易受骨盆骨折影响，所以男性因骨盆骨折导致尿道狭窄的发生率相对较高，女性骨盆骨折后尿道狭窄相对少见，但也有发生可能。
炎症性因素
尿道特异性感染：如淋病性尿道炎，淋病双球菌感染尿道后，可引起尿道黏膜的炎症反应，急性期若未得到彻底治疗，转为慢性后，黏膜组织反复炎症、修复，形成瘢痕导致尿道狭窄。在性活跃人群中，淋病的发生率会影响尿道特异性感染导致尿道狭窄的概率，男性和女性都可能感染淋病奈瑟菌，但男性尿道较长且结构特点使得淋病性尿道炎后更易发生尿道狭窄，女性尿道短，感染后相对男性较易治愈，发生尿道狭窄的风险相对较低，但也不能完全排除。
尿道非特异性感染：如大肠杆菌等细菌引起的尿道感染，长期慢性的尿道炎症刺激，使尿道黏膜反复发炎、溃疡，愈合过程中瘢痕形成，逐渐导致尿道狭窄。任何年龄段、性别都可能发生尿道非特异性感染，但长期存在尿道感染且未有效控制的人群，发生尿道狭窄的风险增加，男性和女性在尿道非特异性感染后发生尿道狭窄的概率无绝对明显差异，主要与感染的严重程度、持续时间及个体的修复能力等有关。
