桥本甲状腺炎容易与Graves病、亚急性甲状腺炎、甲状腺癌等疾病混淆。
1.Graves病
两者均属自身免疫性甲状腺病，但Graves病患者促甲状腺激素受体抗体（TRAb）显著升高，伴有高代谢症状（如怕热、多汗、体重减轻），甲状腺弥漫性肿大且可闻及血管杂音；而桥本甲状腺炎患者甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）显著升高，早期甲状腺功能正常，后期多发展为甲减，甲状腺多为弥漫性或结节性肿大，一般无血管杂音。
2.亚急性甲状腺炎
亚急性甲状腺炎患者多有上呼吸道感染前驱病史，甲状腺疼痛明显，可放射至耳部，血沉增快，甲状腺功能变化具有特征性；而桥本甲状腺炎一般无上呼吸道感染前驱病史，血沉多正常，甲状腺相关抗体显著升高。
3.甲状腺癌
甲状腺癌结节多为单发、质地硬、活动度差，可伴有颈部淋巴结肿大，超声下多表现为微小钙化、边界不清、纵横比大于1等恶性征象；而桥本甲状腺炎结节多为多发、质地韧、边界清楚，结合抗体检查可辅助鉴别。
