慢性咽炎的发生与局部因素（急性咽炎反复发作、上呼吸道慢性炎症刺激、咽部邻近器官病变）、全身因素（贫血、消化不良、下呼吸道慢性炎症、内分泌紊乱）、环境因素（空气污染、气候温度湿度变化）、生活习惯因素（吸烟、饮酒、过度用嗓）相关。
上呼吸道慢性炎症刺激：如慢性鼻窦炎、鼻咽部炎症等，炎性分泌物经后鼻孔流至咽部，长期刺激咽部黏膜；慢性扁桃体炎反复发作，炎症蔓延至咽部，均可引发慢性咽炎。对于有慢性鼻窦炎病史的人群，尤其是儿童，鼻窦分泌物的刺激是导致慢性咽炎的常见因素之一；而成年人若扁桃体反复发炎，也易引发咽部的慢性炎症。
咽部邻近器官病变：如喉部的炎症、龋齿等，也可波及咽部，引起慢性咽炎。比如患有慢性喉炎的患者，炎症可能会向咽部蔓延；龋齿患者口腔内的细菌等病原体容易累及咽部，导致咽部炎症迁延不愈。
全身因素
贫血：贫血患者全身血氧含量降低，咽部黏膜也会处于缺氧状态，抵抗力下降，容易引发慢性炎症。尤其是中老年女性，若患有缺铁性贫血，更易出现咽部不适等慢性咽炎表现。
消化不良：胃肠功能紊乱导致胃酸反流至咽部，刺激咽部黏膜，长期可引起慢性咽炎。饮食不规律、喜食辛辣油腻食物的人群，更容易出现消化不良，进而增加慢性咽炎的发病风险。
下呼吸道慢性炎症：如慢性支气管炎、支气管扩张等，患者常伴有咳嗽、咳痰，炎性分泌物长期刺激咽部，可引发慢性咽炎。长期吸烟的慢性支气管炎患者，其咽部受刺激的程度往往更严重。
内分泌紊乱：如更年期女性，体内雌激素水平下降，可导致咽部黏膜抵抗力下降，容易出现咽部干燥、异物感等慢性咽炎症状。
环境因素
空气污染：长期处于粉尘、化学气体污染的环境中，咽部黏膜容易受到刺激和损伤。例如在工厂工作的工人，长期接触粉尘和有害化学物质，患慢性咽炎的几率明显高于一般人群；城市雾霾天气时，空气中的污染物也会对咽部造成损害。
气候、温度、湿度变化：寒冷、干燥的气候可使咽部黏膜血管收缩，局部抵抗力下降，干燥的空气还会使咽部黏膜腺体分泌功能发生障碍；而炎热、潮湿的环境则有利于细菌、病毒的滋生繁殖，这些都容易诱发慢性咽炎。例如在北方的冬季，室内供暖导致空气干燥，人们更容易出现咽部不适，引发慢性咽炎。
生活习惯因素
吸烟：烟草燃烧产生的烟雾中含有多种有害物质，如尼古丁、焦油等，可直接刺激咽部黏膜，使咽部黏膜充血、水肿，纤毛运动发生障碍，容易引发慢性咽炎。长期大量吸烟的人群，慢性咽炎的发病率远高于不吸烟者。
饮酒：过度饮酒会损伤咽部黏膜，使咽部黏膜抵抗力下降，同时酒精的刺激可导致咽部血管扩张，加重咽部的炎症反应。尤其是经常过量饮酒的人群，患慢性咽炎的风险较高。
过度用嗓：长期用嗓过度，如教师、歌手等职业人群，咽部黏膜长时间处于紧张状态，容易发生损伤，引发慢性咽炎。儿童若长时间大声哭闹，也可能导致咽部黏膜受损，增加慢性咽炎的发病几率。
