肾综合征出血热病程分为发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期和恢复期。发热期多数患者急骤发热，伴“三痛”、中毒及神经精神等症状；低血压休克期发热末期或热退时出现低血压、休克，由低血容量所致；少尿期24小时尿量少于400ml，有尿量减少、尿毒症等表现；多尿期24小时尿量超2000ml，早期氮质血症可能存在，后期易脱水及电解质紊乱；恢复期尿量渐正常，体力需1-3个月甚至更长时间恢复，不同人群恢复有差异。
中毒症状：患者可出现头痛、腰痛、眼眶痛，即“三痛”症状。头痛是由于病毒血症引起脑血管扩张、神经受刺激等；腰痛与肾脏周围组织充血、水肿以及腹膜后水肿等有关；眼眶痛是因为眼周组织水肿等原因。同时，患者还可能有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道症状，这是病毒累及胃肠道，引起胃肠功能紊乱所致。部分患者可有嗜睡、烦躁、谵妄或抽搐等神经精神症状，可能是病毒侵犯中枢神经系统引起。
低血压休克期
低血压：一般发生在发热末期或热退同时出现血压下降。患者可表现为面色苍白、四肢厥冷、脉搏细速、尿量减少等。随着休克的进展，患者可能出现精神萎靡、反应迟钝等表现。不同年龄人群对低血压的耐受和表现不同，儿童由于血管弹性较好等因素，在低血压早期可能外周循环表现相对不明显，而老年人本身血管顺应性差，低血压时更容易出现重要脏器灌注不足的表现，如脑灌注不足可导致意识障碍等。
休克：严重者可发生休克，休克进一步加重会导致重要脏器灌注不良，如肾灌注不足可引起少尿或无尿，脑灌注不足可出现昏迷等。此期的休克主要是由于血管通透性增加，血浆外渗，血容量骤减等原因引起的低血容量性休克。
少尿期
尿量减少：24小时尿量少于400ml为少尿，少于50ml为无尿。少尿期一般出现在病程的5~8天，患者可出现尿蛋白阳性、镜下或肉眼血尿等情况。肾脏受损是少尿的主要原因，病毒感染导致肾脏实质损伤，肾小球滤过功能下降，肾小管重吸收功能障碍等。患者还可能出现尿毒症、酸中毒和水、电解质紊乱等表现，如恶心、呕吐、腹胀、意识障碍等，酸中毒时患者可出现呼吸深而快等表现，水、电解质紊乱可导致高血钾等严重并发症，高血钾可引起心律失常甚至心跳骤停。
多尿期
尿量增多：当24小时尿量超过2000ml时进入多尿期，多尿早期肾功能尚未完全恢复，氮质血症可能继续存在，患者仍可能有虚弱、乏力等表现；随着病程进展，进入多尿后期，尿量逐渐恢复，但是此期患者容易出现脱水及电解质紊乱，如低钾血症等，表现为乏力、腹胀、心律失常等。
恢复期
尿量恢复：一般多尿期后，患者尿量逐渐恢复至正常，精神、食欲开始好转。但此期患者体力尚需一段时间才能完全恢复，一般需要1~3个月甚至更长时间。在恢复期，患者可能仍会有乏力等表现，但随着机体的修复，各项指标逐渐恢复正常。不同人群恢复的时间和程度可能有所不同，儿童恢复相对较快，老年人恢复可能相对缓慢一些。
