早上口臭的原因包括口腔局部因素（菌斑、牙石堆积、龋齿、牙周炎、口腔黏膜疾病）、全身性疾病因素（消化系统疾病如胃炎、胃溃疡、幽门螺杆菌感染，呼吸系统疾病如鼻窦炎、扁桃体炎，糖尿病）及其他因素（不良生活习惯如长期吸烟、过度饮酒、长期不吃早餐，药物因素）。
龋齿：龋洞内容易残留食物碎屑，细菌在龋洞内发酵分解，产生腐败坏死的物质，进而引发口臭。儿童如果喜欢吃甜食且口腔清洁不彻底，患龋齿的风险较高，早上可能出现因龋齿导致的口臭；成年人龋齿如果未及时治疗，也会成为口臭的原因之一。
牙周炎：牙周炎患者牙龈周围有炎症，存在大量细菌及炎性分泌物，细菌代谢产物会引起口臭。牙周炎在成年人中较为常见，吸烟、患有糖尿病等疾病的人群患牙周炎的几率更高，这些人群早上口臭的可能性也相对较大；儿童相对较少患重度牙周炎，但如果有不良口腔习惯等也可能引发轻度牙周炎相关口臭。
口腔黏膜疾病：如口腔溃疡，溃疡面会有渗出、坏死组织等，细菌感染后会产生异味导致口臭。不同年龄段人群都可能发生口腔溃疡，儿童可能因缺乏维生素等原因引发，成年人则可能因压力、免疫力下降等因素导致，早上起床后可能因口腔溃疡出现口臭。
全身性疾病因素
消化系统疾病
胃炎、胃溃疡：胃肠道功能紊乱，消化液分泌异常，食物消化不完全，可能产生异味并反流至口腔，导致早上口臭。患有消化系统疾病的人群，无论年龄大小，都可能出现这种情况。例如，胃溃疡患者胃酸分泌异常，食物在胃内排空时间延长，容易产生异味反流；胃炎患者胃黏膜受损，消化功能受影响，也可能引发口臭。
幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌可在胃内生长繁殖，产生尿素酶等物质，分解尿素产生氨等有异味的物质，从而导致口臭。该菌感染在各年龄段人群中都可能存在，儿童可能通过密切接触等方式感染，成年人感染率也较高，感染幽门螺杆菌的人群早上口臭的发生率相对较高。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、扁桃体炎等。鼻窦炎患者鼻腔内脓性分泌物倒流至口腔，扁桃体炎患者扁桃体隐窝内有脓栓等，都会导致口臭。儿童鼻窦炎可能因感冒等上呼吸道感染未及时治愈引发，成年人扁桃体炎可能因免疫力下降等原因发作，这些情况都可能造成早上口臭。
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，身体代谢紊乱，可能出现酮症酸中毒，呼出的气体中有丙酮味，表现为口臭。糖尿病在成年人中较为常见，尤其是中老年人群，儿童糖尿病相对较少，但一旦发病也可能出现相关症状。糖尿病患者需要严格控制血糖，以减少并发症及相关口臭问题。
其他因素
不良生活习惯
长期吸烟：烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔中，且吸烟会影响口腔唾液分泌，使口腔处于干燥状态，有利于细菌滋生，从而导致口臭。吸烟人群无论年龄大小，早上口臭的可能性都较大，长期吸烟还会增加患口腔疾病和全身性疾病的风险，进一步加重口臭情况。
过度饮酒：酒精会使口腔干燥，同时酒精在体内代谢也可能通过呼吸排出有异味的物质，导致口臭。成年人饮酒过量者更容易出现这种情况，儿童则应绝对避免饮酒。
长期不吃早餐：早上不吃早餐，口腔内细菌会过度繁殖，因为经过一夜睡眠，口腔唾液分泌减少，细菌分解口腔内残留物质产生异味，导致口臭。各年龄段人群都可能存在长期不吃早餐的情况，尤其是一些上班族、学生等。
药物因素：某些药物服用后可能引起口干等副作用，导致口腔自洁作用降低，引发口臭。例如，一些降压药、抗抑郁药等可能有这样的不良反应。不同用药人群需要关注药物的副作用，如果因药物导致口臭，可在医生指导下评估是否调整用药。
