晨起口臭可能由口腔局部因素、全身系统性疾病及其他因素引起。口腔局部因素包括口腔卫生不良、龋齿、牙周炎、智齿冠周炎；全身系统性疾病有胃肠道疾病（胃炎、胃溃疡、幽门螺杆菌感染）、呼吸系统疾病、糖尿病；其他因素包含不良生活方式（吸烟、饮酒、长期熬夜）。
龋齿：牙齿上的龋洞内容易滞留食物碎屑，细菌在龋洞内大量繁殖，发酵产酸，不仅会破坏牙齿组织，还会产生异味。龋齿在各个年龄段都可能发生，儿童由于爱吃甜食、口腔清洁相对不彻底等原因，龋齿发生率较高；成年人如果口腔卫生维护不佳，也会患上龋齿。
牙周炎：牙周炎患者的牙周袋内存在大量的细菌菌斑、牙石等，细菌及其代谢产物会引发炎症反应，产生脓性分泌物，伴有异味。牙周炎在成年人中较为常见，随着年龄增长，患牙周炎的风险逐渐增加，吸烟、患有糖尿病等全身性疾病的人群更容易患上牙周炎，进而出现晨起口臭。
智齿冠周炎：智齿萌出不全时，牙冠周围软组织发生炎症，局部会有红肿、疼痛，并且有脓性分泌物，散发出臭味。这种情况在18-25岁左右的人群中较为多见，因为这个阶段是智齿萌出的常见时期。
全身系统性疾病
胃肠道疾病
胃炎、胃溃疡：胃肠道功能紊乱时，食物消化不完全，可能会导致胃气上逆，产生口臭。例如，患有胃炎、胃溃疡的患者，胃酸分泌异常，胃肠蠕动功能可能出现障碍，食物在胃肠道内停留时间延长，发酵产生异味，通过口腔呼出。不同年龄的胃肠道疾病患者都可能出现晨起口臭，老年人胃肠功能相对较弱，更容易患上胃肠道疾病而导致口臭；年轻人如果饮食不规律、压力大等也可能引发胃肠道疾病出现口臭。
幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌可在胃内产生尿素酶，分解尿素产生氨及其他有臭味的物质，从而导致口臭。幽门螺杆菌感染在各年龄段都有发生，家庭聚集性较为常见，儿童如果父母感染幽门螺杆菌，通过密切接触等方式也可能被感染，进而出现晨起口臭等相关症状。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、支气管炎等，呼吸道产生的分泌物可能会带有异味，经口腔呼出导致晨起口臭。鼻窦炎患者鼻腔内的脓性分泌物倒流至咽部，会引起口臭；支气管炎患者气道内的痰液等分泌物也可能产生异味。不同年龄的人群都可能患有呼吸系统疾病出现晨起口臭，儿童呼吸系统发育尚不完善，抵抗力相对较弱，容易患呼吸系统疾病；成年人如果长期吸烟、接触污染空气等，也易引发呼吸系统疾病导致口臭。
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，身体会通过分解脂肪来提供能量，产生酮体，当酮体浓度过高时，可通过呼吸道排出，导致呼气有烂苹果味，也就是晨起口臭的一种表现。糖尿病在各个年龄段都可能发病，老年人由于代谢功能下降等原因，患糖尿病的风险较高；年轻人如果生活方式不健康，也可能患上糖尿病出现晨起口臭。
其他因素
不良生活方式
吸烟：烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔中，并且吸烟会使口腔干燥，有利于细菌滋生，从而导致口臭。无论是年轻人还是老年人，长期吸烟都会增加晨起口臭的发生几率，吸烟还会对全身健康产生多种不良影响，如增加患心血管疾病、癌症等的风险。
饮酒：酒精会使口腔干燥，并且酒精本身的气味以及酒精在体内代谢产生的物质可能会通过口腔呼出，导致口臭。不同饮酒量和饮酒频率的人群都可能因为饮酒出现晨起口臭，长期大量饮酒对肝脏等器官损害较大，也会间接影响口腔健康导致口臭。
长期熬夜：长期熬夜会影响身体的正常代谢和内分泌功能，导致口腔唾液分泌异常，口腔自洁作用降低，细菌繁殖增加，出现晨起口臭。各个年龄段的人群都可能因为长期熬夜出现这种情况，年轻人由于工作、娱乐等原因容易长期熬夜，进而影响口腔健康和全身健康。
