肠结核与肺结核难治性受发病部位及病理特点、诊断难度、治疗方案及预后等因素影响，不能简单判定肠结核比肺结核难治，肺结核主要病变在肺部，有较多免疫机制参与但重症可致严重并发症及耐药菌产生，儿童肺结核诊断不及时影响生长发育；肠结核病变在肠道，解剖生理复杂易致并发症，老年患者治疗风险高；肺结核诊断有较多辅助检查手段但不典型时难诊，肠结核肠道症状不典型、结肠镜活检有时难确诊；肺结核有规范治疗方案多数可愈但耐药时预后受影响，儿童多数可愈；肠结核疗程长，出现并发症时治疗复杂，老年患者需密切监测药物不良反应。
发病部位及病理特点差异带来的影响
肺结核：肺结核主要病变在肺部，肺部有较多的免疫细胞和免疫机制参与对结核分枝杆菌的应对。不过，当肺结核病情较重时，可能出现大咯血等严重并发症，大咯血可危及生命，且肺结核如果治疗不规范容易导致耐药菌产生。例如，耐药肺结核的治疗就会更加复杂，需要联合多种抗结核药物，治疗周期也会延长，一般可达21-24个月，而且药物不良反应发生率可能更高，对患者的整体状况影响较大。从年龄因素来看，儿童肺结核如果诊断不及时，可能影响生长发育，因为肺部是儿童呼吸和气体交换的重要器官，肺结核导致的肺部功能障碍会影响氧气供应，进而影响身体各器官的发育。
肠结核：肠结核是结核分枝杆菌侵犯肠道引起的疾病，肠道的解剖结构和生理功能相对复杂。肠道的蠕动、消化液的分泌等因素会影响抗结核药物在肠道的分布和作用效果。而且，肠结核容易出现肠粘连、肠梗阻等并发症，这会进一步影响患者的营养吸收等情况。对于老年患者来说，老年人本身各器官功能衰退，对抗结核药物的代谢和耐受能力下降，肠结核如果合并肠梗阻等并发症，治疗难度会增加，因为手术等干预措施在老年人中的风险相对较高。
诊断难度差异
肺结核：肺结核的诊断相对有较多的辅助检查手段，如胸部X线、胸部CT等，可以较为直观地看到肺部病灶的形态、部位等。同时，痰结核菌检查是诊断肺结核的金标准之一，如果能找到痰中的结核分枝杆菌，诊断就比较明确。但在一些不典型肺结核患者中，如症状不明显、痰菌阴性的患者，诊断可能会比较困难，需要结合患者的接触史、PPD试验等多种检查手段综合判断。
肠结核：肠结核的诊断相对更具挑战性，因为肠道的症状往往不典型，可能表现为腹痛、腹泻、便秘等，这些症状也可见于其他肠道疾病。结肠镜检查是诊断肠结核的重要手段，可以直接观察肠道病变情况并取活检，但有时肠道病变可能较为局限，活检不一定能马上找到结核分枝杆菌。而且，一些患者可能因为肠道准备等问题影响结肠镜检查的效果，需要多次检查才能明确诊断。
治疗方案及预后差异
肺结核：目前有较为规范的抗结核治疗方案，如初治肺结核一般采用异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇联合治疗2个月，然后继续以异烟肼、利福平巩固治疗4个月。经过规范治疗，大部分肺结核患者可以治愈。但如果出现耐药情况，治疗方案需要重新调整，预后会受到一定影响。对于儿童肺结核患者，在规范治疗下，多数可以治愈且对生长发育的影响相对较小，但如果治疗不规范导致转为慢性，可能会影响未来的肺部功能等。
肠结核：治疗方案与肺结核类似，也是采用抗结核药物治疗，但由于肠道病变的特殊性，抗结核治疗的疗程可能相对较长，一般需要6-9个月甚至更长时间。而且，肠结核患者如果出现并发症，如肠梗阻等，可能需要先处理并发症，再进行抗结核治疗，这会增加治疗的复杂性。对于老年肠结核患者，在治疗过程中需要更加密切监测药物不良反应，因为老年人肝肾功能减退，药物更容易在体内蓄积，导致不良反应发生。
