灼口综合征的发生与局部、全身及其他多种因素有关。局部因素包括口腔局部感染、牙石和不良修复体刺激；全身因素涉及内分泌（更年期女性、其他内分泌疾病）、神经系统（神经病变、精神心理因素）、系统性疾病（维生素及矿物质缺乏、自身免疫性疾病）；其他因素有生活方式（吸烟、饮酒、饮食）以及年龄和性别因素，中老年人易患且女性比例高于男性。
牙石、不良修复体等刺激：牙石会持续刺激牙龈和口腔黏膜，不良修复体的边缘不贴合、表面不光滑等情况也会反复摩擦口腔组织，长期的机械刺激可引发口腔黏膜的不适，包括灼痛等类似灼口综合征的表现。
全身因素
内分泌因素
更年期女性：更年期女性体内雌激素水平下降，会引起口腔黏膜血流改变、神经末梢敏感性增高等变化。研究表明，更年期妇女灼口综合征的发生率明显高于非更年期女性，雌激素水平与口腔黏膜的营养、代谢等多种生理功能密切相关，雌激素缺乏可导致口腔黏膜萎缩、干涩等，从而引发灼痛等症状。
其他内分泌疾病：如糖尿病，糖尿病患者由于血糖控制不佳时，高血糖环境有利于某些细菌繁殖，且机体抵抗力下降，同时高血糖可引起神经病变，包括口腔神经的病变，可能导致口腔出现灼痛等异常感觉；甲状腺功能减退症患者，甲状腺素分泌减少，机体代谢降低，也可能影响口腔黏膜的正常功能，引发灼口综合征相关表现。
神经系统因素
神经病变：如三叉神经、舌咽神经等的病变，可导致神经传导异常，使患者对口腔内的正常感觉感知异常，出现灼痛等不适。例如，脑血管意外患者可能伴随有口腔神经功能受损，出现类似灼口综合征的症状。
精神心理因素：长期的焦虑、抑郁、紧张等精神心理状态可影响神经系统对口腔感觉的调控。精神心理因素可通过神经-内分泌-免疫调节网络影响口腔黏膜的感觉和代谢。有调查显示，灼口综合征患者中伴有精神心理障碍的比例较高，如约30%-50%的患者存在不同程度的焦虑或抑郁情绪，这些情绪状态可加重口腔的灼痛等症状，形成恶性循环。
系统性疾病
维生素及矿物质缺乏：如维生素B12、叶酸、铁等缺乏时，可影响神经系统的正常功能和口腔黏膜的代谢。维生素B12参与神经髓鞘的合成，缺乏时可引起神经病变；叶酸缺乏可导致核酸合成障碍，影响细胞的正常分裂和代谢，进而影响口腔黏膜健康，引发灼痛等症状。
自身免疫性疾病：如干燥综合征，这是一种主要累及外分泌腺体的自身免疫性疾病，除了出现口干、眼干等症状外，也常伴有口腔黏膜的灼痛等表现。自身免疫性疾病时，机体的免疫系统攻击自身的组织和器官，包括口腔黏膜相关组织，导致黏膜炎症和功能异常。
其他因素
生活方式因素
吸烟、饮酒：吸烟产生的烟雾中含有多种有害物质，如尼古丁、焦油等，可直接刺激口腔黏膜，损伤口腔黏膜的上皮细胞和神经末梢，长期吸烟的人群灼口综合征的发生率相对较高；过量饮酒可导致口腔黏膜干燥，破坏口腔黏膜的屏障功能，同时酒精的刺激也可能影响神经末梢的感觉，增加灼口综合征的发病风险。
饮食因素：长期食用过烫、过辣、过酸等刺激性食物，可反复损伤口腔黏膜，使口腔黏膜处于应激状态，容易引发灼痛等不适。例如，长期大量食用辛辣食物的人群，口腔黏膜经常受到辛辣成分的刺激，可能增加灼口综合征的发生几率。
年龄和性别因素
年龄：中老年人相对更容易患灼口综合征，可能与随着年龄增长，口腔黏膜的防御功能下降、内分泌功能变化、神经系统功能减退等多种因素有关。儿童和青少年患灼口综合征的较少见，但也不能完全排除，若有相关症状也需要考虑可能的病因。
性别：女性患灼口综合征的比例高于男性，除了前面提到的内分泌因素外，女性在生理周期、更年期等特殊时期内分泌变化较大，且可能在心理承受等方面与男性存在差异，这些因素综合起来导致女性更易发生灼口综合征。
